Объяснение "странностей" в файле с PDB-кодом 3HDD
Структура 3HDD представляет из себя цень ДНК, на которой расположены два небольших одинаковых белка. Один на середине цепи, а другой прямо "на краю". Разрешение структру 2.2 Å при полноте 93.7%
Рисунок 1. Структура с PDB-кодом 3HDD.
Восстановление соседних ячеек с помощью команду symexp даёт следующую картину. Нить ДНК вовсе не обрывается, а продолжается дальше. Нити ДНК образуют что-то вроде решетки. Между молекулами белка есть взаимодействия. Причем молекулы, которые обозначены как цепь А, взамодействуют только с молекулами, обозначенными как цепь А (заленые на рисунке), а В только с В (голубые на рисунке).
Рисунки 2 и 3. Восстановленный участок кристалла для структуры 3HDD.
Чтобы понять расположение молекул белка, которые при находились "на краю" ДНК, удобно представить молекулу следующим образом. Получается, что никакой странности нет. Просто авторы структуры немного странно представили её в PDB.
Рисунок 4. Восстановленный участок кристалла для структуры 3HDD.
По моему мнению, её лучше было бы представить следующим образом.
Рисунок 5. Структура с PDB-кодом 3HDD. Без начального участка ДНК, где нет контактов с белками и с небольшим участком ДНК из соседней ячейки.
Рассмотрим подробнее связи между цепями белка и ДНК.
В цепях А и В одинаковые остатки (Arg5 и Thr6) контактируют с малой бороздкой ДНК. Связи искала с помощью команды dist на расстоянии до 3.5 Å
Рисунки 6 и 7. Контакты между цепью А и ДНК (слева) и между цепью В и ДНК (справа).
В районе большой бороздки есть две области контактов. В одной контактов много, а другой удалось обнаружить всего два контактирующих остатка Asn51 и Lys55. Стоит отметить, что контакты кажутся одинаковыми для цепей А и В, однако в случае цепи В контакты между Asn51, Lys55 и ДНК попадают "на край" структуры. Lys55 цепи В из одной ячейки контактирует с ДНК из другой. А из-за разрыва контакт Asn51 установить не удалось. Так как обе цепи одинаковые и контактируют с ДНК одинаково, то это не слишком страшная ошибка. Однако структура получается какой-то запутанной.
Рисунки 8 и 9. Контакты между цепью А и ДНК (слева) и между цепью В и ДНК (справа).
Просто из любопытства я обратила внимание на контакты между цепями белка из различных ячеек. Области контакта показаны на рисунках красным. Видно, что в случае разных цепей ориентация молекул и места контакта различаются. Получается, что для белка при данных условиях кристаллизации, удалось получить кристалл, в котором есть разные варианты взаимодействий между идентичными молекулами, которые зафиксированы на ДНК.
Рисунки 10 и 11. Контакты между цепями А из разных ячеек (слева) и между цепями B из разных ячеек (справа).
В качестве вывода я бы предложила авторам представить в PDB файле структуру, похожую на представленную на рисунке 5. Как мне кажется, кристалл можно разбить на такие составляющие единицы.