pdb2gmx -f 2xl1.pdb -o pep -p pep -ff amber99sb -water tip3p -ignh

editconf -f pep.gro -o pep_ec -d 1.5 

grompp -f em -c pep_ec -p pep -o pep_em -maxwarn 1
mdrun -deffnm pep_em -v

Отметье в отчёте изменение максимальной силы в ходе оптимизации геометрии. Занесите начальное и конечное значение максимальной силы.

Fmax=4.37039e+03 on atom 146

Fmax=6.348e+02 (atom 228)

genbox -cp pep_em -p pep -cs fam_em.gro -o pep_s

Added 901 molecules Generated solvent containing 5406 atoms in 901 residues

Теперь надо изменить в текстовом редакторе файл тополгии pep.top. После строчки: ; Include forcefield parameters #include "amber99sb.ff/forcefield.itp" #include "fam.itp"

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
FAM         901

grompp -f em -p pep -c pep_s -o pep_s -maxwarn 1

System has non-zero total charge: -1.000000

genion -s pep_s -o pep_si -p pep -np 1

Выбираем растворитель группа 13

    #Проведём "утряску" растворителя: 

grompp -f pr -c pep_si -p pep -o pep_pr -maxwarn 1
mdrun -deffnm pep_pr -v

editconf -f pep_pr.gro -o pep_pr.pdb
editconf -f pep_si.gro -o pep_si.pdb

import __main__

__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]


import pymol
 
pymol.finish_launching()
 
from pymol import cmd

from IPython.display import Image

cmd.delete('all')
cmd.load('azulene.mol')

cmd.refresh()
cmd.do('''
ray
png pic1.png
''')

pep_si.pdb упорядоченный растворитель pep_pr.pdb утрясённый растворитель

Идем на суперкомпьютер

rm ~/.ssh
mkdir ~/.ssh
cp /home/preps/golovin/skif/* ~/.ssh
cat /home/preps/golovin/skif/config >> ~/.ssh/config
chmod 600 ~/.ssh/fbb-prac

scp -r ./prac6 skif:_scratch/fbb/anisimova

ssh skif
cd _scratch/fbb/anisimova
cp /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/residuetypes.dat .
cp -r /home/users/golovin/progs/share/gromacs/top/amber99sb.ff/ .
grompp -f md -c pep_pr -p pep -o pep_md -maxwarn 1
sbatch -n 4 -e error.log -o output.log -t 5 -p test impi/opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm pep_md -v

module load 
sbatch -N1 --ntasks-per-node=2 -e error-gpu.log -o output.log -t 350 -p gpu impi /opt/ccoe/gromacs-5.0.4/build/bin/gmx_mpi mdrun -testverlet -deffnm  pep_md -v
1268786

alessandrick@kodomo:~$ cd term8/prac6
alessandrick@kodomo:~/term8/prac6$ ssh skif

┌─[fbbstudent @ access2 ~ ]
└─> cd_scratch/fbb/anisimova
-bash: cd_scratch/fbb/anisimova: No such file or directory
┌─[fbbstudent @ access2 ~ ]
└─> cd _scratch/fbb/anisimova/
┌─[fbbstudent @ access2 ~/_scratch/fbb/anisimova ]

Параллельно открываем Putty, копируем файл из Ломоносова сюда

trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_pbc_1.pdb -skip 20 -pbc mol

Выбираем группу 1 - белок. Он развернулся с одного конца

trjconv -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -o pep_fit_1.pdb -skip 20 -fit rot+trans

Все равно один конец

%matplotlib inline
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D

a = np.loadtxt("rms_1.xvg")
x=a[:,0]
y=a[:,1]
print y
plt.plot(x, y)
plt.show()

[  1.10800000e-04   2.33807400e-01   1.72653500e-01 ...,   2.64157400e-01
   2.82041300e-01   2.79349500e-01]

a = np.loadtxt("rms_2.xvg")
x=a[:,0]
y=a[:,1]
print y
plt.plot(x, y)
plt.show()

[  9.10000000e-06   2.33805900e-01   1.72650500e-01 ...,   2.24584800e-01
   2.27308500e-01   2.40850800e-01]

a = np.loadtxt("sas_pep.xvg")
x=a[:,0]
y=a[:,1]
y_1=a[:,2]
print y, y_1
plt.scatter(x, y, s=10, c='red', alpha=0.2)
plt.scatter(x, y_1, s=10, c='blue', alpha=0.2)

plt.show()

[ 5.48169  5.08204  5.35807 ...,  5.15143  5.26323  4.87964] [  9.80024  11.5712   10.3794  ...,  12.4262   12.064    12.6608 ]

g_hbond  -f pep_md.xtc -s pep_md.tpr -num hbond_pep -b X

   где X это величина в пикосекундах  для начала анализа. 8000

a = np.loadtxt("hbond_pep_beg.xvg")
x=a[:,0]
y=a[:,1]
a = np.loadtxt("hbond_pep.xvg")
x1=a[:,0]
y1=a[:,1]

plt.scatter(x, y, s=10, c='blue', alpha=0.2)


plt.scatter(x1, y1, s=10, c='red', alpha=0.2)

plt.show()

Количество водородных связей внутри пептида увеличилось, хотя пептид развернулся. Возможно, это связано с образованием водородных связей между радикалами аминокислот