Визуализация зоны контакта лиганда с белком была сделана с использованием iPython Notebook. К сожалению, дальше с ним возникли проблемы, и задание было выполнено локально. Asp52 был заменён на Lys52. Вероятно, что противоположный заряд и длинный радикал будут мешать взаимодействию лиганда с белком.
Далее был сделан анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации (скрипт). Видимо из-за близкого расположения атомов не удалось сохранить молекулу с мутацией в изначальном виде, как на первой картинке. PyMol упорно добавляет связи между мутантным остатком и лигандом.
Для присоединения метки был выбран Asp86, находящийся на поверхности структуры. Использовались команды fuse и torsion.
Был написан скрипт, который был запущен через PyMol (File -> Run...)
На kodomo воспользовалась программой babel:
echo C12C3C4C1C5C2C3C45 > cubane.smi obgen cubane.smi > cubane.mol
Затем открыла cubane.mol через PyMol и получила картинку.