На главную страницу второго семестра

Программа BLASTP

1. Поиск белка по его последовательности.
   1)Поиск осуществлялся на сервере NCBI. Для поиска последовательности была выбрана программа BLASTP и банк swissprot. На входе была введена последовательность белка COAE_ECOLI из файла myprot.fasta. В выдаче белок COAE_ECOLI присутствовал первым в списке и со следующими параметрами:
   • Порядковый номер: 62288047
   • Score: 655
   • E-value: 0.0
   
   2)Указав в качестве банка pdb, повторил поиск той же последовательности. К сожалению, первые восемь находок в списке не содержали локального выравнивания, поэтому была рассмотрена девятая (что интересно, данной последовательностью оказалась цепь А моего белка COAE_ECOLI, о чем я узнал по PDB-коду):
   • PDB-код: 1VHL
   • Идентификаторы цепей: 40889941
   • Score: 377
   • E-value: 7e-106
   • Начало выравнивания во входной последовательности: 1
   • Начало выравнивания в находке: 3
   • Конец выравнивания во входной последовательности: 206
   • Конец выравнивания в находке: 208
   • Процент совпадений: 99%

2. Поиск белка по его гомологу. Подав на вход поледовательность из файла secondprot.fasta, был повторен поиск в банке swissprot программой BLASTP. Первой среди находок была последовательность белка, задаваемого на вход,- COAE_VIBCH. Искомый же белок COAE_ECOLI оказался десятым по счету:
   • Порядковый номер: 62288047
   • Score: 180
   • E-value: 2e-45
   • Начало выравнивания во входной последовательности: 1
   • Начало выравнивания в находке: 1
   • Конец выравнивания во входной последовательности: 200
   • Конец выравнивания в находке: 199
   • Процент совпадений: 55%

3. Поиск белка по фрагментам его последовательности.