Выравнивания. Программа GeneDoc.

В ходе занятия были созданы два файла:

first_aln.txt. Данный файл содержит последовательность из первых 60 аминокислот белка COAE_ECOLI выравненную с искусственно измененной. Выравнивание производилось в редакторе FAR.

Также в нем содержатся рассчеты "веса" выравнивания. Для этого к двум строкам произведенного выравнивания была добавлена 3-я строчка, состоящая из следующих символов: "*" - если буквы (а следовательно и аминокислотные остатки) в верхних строках совпадают в данной позиции, "." - если буквы разные, и "-" - если одна из последовательностей содержит гэп. Затем для расчета "веса" была взята формула предложенная преподавателями:

W=M-X-G, где M - число позиций выравнивания, в которых обе буквы одинаковы; X - число позиций выравнивания, в которых буквы разные, G - число гэпов.

Увеличить значение "веса", используя данную упрощенную формулу, по всей видимости, нельзя.
second_aln.msf. Файл содержит выполненное с помощью программы GeneDoc выравнивание белка COAE_ECOLI и его гомолога из Vibrio cholerae COAE_VIBCH.