pfam

На главную страницу второго семестра

Доменная структура белка дефосфо-CoA-киназы.

Схематическое изображение домена: (взято отсюда)
Пространственная структура белка с доменами*: (взято отсюда)
*Так как изображения моего белка с идентификатором PDB "1vhl" на месте не оказалось (по-видимому, просто не успели загрузить), в качестве трехмерной структуры показан домен близкого гомолога белка COAE_ECOLI.


Таблица с кратким описанием всех доменов:
Идентификатор Pfam Название записи Полное название домена Положение в последовательности COAE_ECOLI
PF01121 CoaE Дефосфо-CoA-киназа 3-180

Подробное описание домена PF01121

  1. Описание доменов данного семейства.
    Домены данного семейста белков катализируют фосфорилирование 3'-гидроксильной группы дефосфокоэнзима-А, в результате которого он переходит в коэнзим-А. В ходе данной реакции используется энергия АТФ.
  2. Сколько всего известно белков с доменами CoaE?
    422.
  3. Опишите, в каких таксонах встречаются белки с такими доменами.
    Таксон
    Количество белков с доменом PF01121.
    Эукариоты Растения 2
    Грибы 18
    Животные 30
    Бактерии   352
    Археи   1

    Остальные 19 белков распределились по следующим таксонам (все являются эукариотами):
    1. Entamoebidae(3)
    2. Alveolata(6)
    3. Euglenozoa(8)
    4. Mycetozoa(1)
    5. Diplomonadida(1)

    Как видно, наибольшее распространение белок с данным доменом получает у бактерий, что вполне закономерно, учитывая относительную простоту и эволюционный приоритет последних. Также по итогам таблицы можно видеть, что данные домены в белках очень важны для животных.

  4. Вопросы по типам доменной архитектуры.
    • Что бывает чаще: домен CoaE - единственный домен в белке, или домен CoaE встречается в белках в сочетании с другими доменами?
      В подавляющем большинстве белков CoaE является единственным доменом. Неединственным он является только у 26 белков. Из них 23 - с двумя доменами и 3 - с тремя (считая белок с дупликацией CoaE). Наиболее представленным доменом соседствующим с CoaE в белках является CTP_transf_2 (15 белков).
    • Известны ли случаи дупликации домена CoaE?
      Известен, причем только один: Q4T1T9_TETNG. Два домена CoaE разделены участком цепи с трансмембранными белками, поэтому можно предположить, что они находятся по разные стороны мембраны. Помимо этого белок также имеет третий домен: CTP-transf_2.
    • Известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов CoaE?
      Нет, таких случаев не наблюдается.
      В девяти случаях из 26 возможных домен CoaE стоит перед другими доменами.

©Куликовский, Алексей