data_bank

На главную страницу второго семестра

Дефосфо-CoA-киназа в банках данных SwissProt и TrEMBL

1)По этой ссылке: http://www.expasy.ch/uniprot/P0A6I9.txt была получена информация по белку дефосфо-CoA-киназа, извлеченная из базы данных SwissProt, после чего была заполнена таблица, приведенная ниже.
 
  • информация об авторских правах.
    •   Метка поля Содержание
    Код доступа ("Accession number") AC P0A6I9; P36679; P75646.
    Идентификатор последовательности в БД ID COAE_ECOLI
    Название (краткое описание) белка DE Дефосфо-CoA-киназа (Дефосфокоэнзим-A-киназа) (EC 2.7.1.24).
    Дата создания документа DT 29 марта 2005 г.
    Дата последнего исправления аннотации DT 7 февраля 2006 г.
    Название организма OS Escherichia coli
    Полное название таксона OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.
    Длина последовательности ID, SQ 206 а.о. (аминокислотных остатков)
    Молекулярная масса белка SQ 22622 Да
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 4 публикации
    Название журнала с самой свежей публикацией RL J. Bacteriol.
    183:2774-2778(2001)
    Описание вторичной структуры FT Данное описание присутствует и заключается в указании номера начального и конечного остатка элементов цепи белка таких, как альфа-спирали (HELIX), бета-тяжи (STRAND) и бета-петли (TURN).
    Что содержит поле комментариев? CC В поле комментриев содержатся данные о:
    1. функции белка,
    2. его каталитической активности,
    3. биохимических особенностях (зависимость от уровня pH, оптимальный уровень pH),
    4. природе структурной единицы,
    5. пути получения белка,
    6. взаимодействиях белка,
    7. его местоположении в клетке,
    8. принадлежности к определенной группе белков,
    9. важные замечания, касающиеся отдельных аминокислотных остатков,
    Какие особенности последовательности указаны? FT Помимо описания вторичной структуры и информации о цепи белка указаны расхождения в определении структуры последовательности (CONFLICT): различающиеся полученные данные по типу 72-й, 73-й, 74-й и 86-й аминокислот.
    Идентификаторы записей PDB DR 1N3B; 1VHL; 1VHT; 1VIY.

      2)Определил, сколько документов находится в банке данных UniProt, содержащих белки с кратким описанием дефосфо-CoA-киназы.
     
    Запрос Число документов в SwissProt Число документов в TrEMBL
    Dephospho-CoA kinase 147 207
    EC 2.7.1.24 147 155
    Dephosphocoenzyme A kinase 147 2

    ©Куликовский, Алексей