seqret enzymes.fasta -ossingle
seqret galf_ecoli.fasta -sbegin 5 -send 279 gf_ec.fasta
seqret galu_ecoli.fasta -sbegin 9 -send 281 gu_ec.fasta
seqret ugpa1_human.fasta -sbegin 53 -send 472 1_hum.fasta
seqret ugpa2_human.fasta -sbegin 54 -send 473 2_hum.fasta
needle gf_ec.fasta gu_ec.fasta gf_ec_gu_ec.needle  -auto
needle 1_hum.fasta 2_hum.fasta 1_hum_2_hum.needle  -auto