PubMed

1. Полное название моего белка - DNA protection during starvation protein. Для поиска статей, в которых упоминается полное название этого белка, введем в строку поиска следующий запрос:
   "dna"[All Fields] AND protection[All Fields] AND "starvation"[All Fields] AND "protein"[All Fields]
   В результате я получил ссылки на 70 статей, в которых встречаются данные слова. Но мне кажется, что по такому запросу могло найтись много лишних статей (ведь слова, из которых состоит полное название моего белка, довольно употребимы в английском языке) и, наоборот, могло не найтись несколоько статей, в которых мой белок упоминается, но из-за своего длинного и несложного названия называется просто по ID, то есть DPS e.coli. Поэтому я составил еще один запрос:
   dps[All Fields] AND ("escherichia coli"[All Fields] OR "e coli"[All Fields])
   
   В результате получил ссылки на 121 статью, в которых упоминается ID моего белка.
   
   
2. Результат первого запроса (70 статей) сохранен в текстовом файле query11.txt.
   Результат второго запроса (121 статья) сохранен в текстовом файле query12.txt.
   
   
3. Из 70 статей, в которых упоминается полное название моего белка, я выбрал статью "The N-terminal extensions of Deinococcus radiodurans Dps-1 mediate DNA major groove interactions as well as assembly of the dodecamer.".
   Аннотация этой статьи сохранена в файле abstract.txt.
   
   Последний автор этой статьи - A. Grove. Всего им было написано 90 статей, а за последние 3 года издано 10 статей. Список этих статей сохранен в файле query2.txt.
   
   
4. Найдем ссылки на статьи об опоясывающем лишае (shingles). В целом запрос выглядит следующим образом:
   "herpes zoster"[MeSH Terms] OR ("herpes"[All Fields] AND "zoster"[All Fields]) OR "herpes zoster"[All Fields] OR "shingles"[All Fields]
   Как видно, система узнала общеупотребительное "разговорное" название болезни и сама подобрала к нему медицинский научный термин - "herpes zoster".
   
   Всего нашлась 11191 статья об опоясывающем лишае. Первая страница с последовательными аннотациями была сохранена в файле query3.txt.
   

Дополнительные задания

1. Найдем ссылки на публикации о кровотечении из носа при гипертонии. Термин "nosebleed" PubMed распознал как "epitaxis", в целом же запрос выглядит следующим образом:
   ("hypertension"[MeSH Terms] OR "hypertension"[All Fields]) AND ("epistaxis"[MeSH Terms] OR "epistaxis"[All Fields] OR "nosebleed"[All Fields])
   Всего было найдено 192 статьи. Все полученные ссылки сохранены в файле query_add1.txt.
   
   
2. Найдем ссылки на публикации о генетически модифицированной еде. В целом запрос выглядит следующим образом:
   "food, genetically modified"[MeSH Terms] OR ("food"[All Fields] AND "genetically"[All Fields] AND "modified"[All Fields]) OR "genetically modified food"[All Fields] OR ("genetically"[All Fields] AND "modified"[All Fields] AND "food"[All Fields])
   Всего было найдено 2400 статей. Аннотации к этим статьям были сохранены в файле query_add2.txt.
   
   
3. Найдем ссылки на статьи о болях зуба мудрости. Зуб мудрости в переводе на английский язык - wisdom tooth, а боль - pain или ache. Поэтому для информации о болях зуба мудрости нам нужно набрать в строке поиска "(widom tooth) AND (pain OR ache)". Таким образом получаем следующий запрос:
   ("molar, third"[MeSH Terms] OR ("molar"[All Fields] AND "third"[All Fields]) OR "third molar"[All Fields] OR ("wisdom"[All Fields] AND "tooth"[All Fields]) OR "wisdom tooth"[All Fields]) AND (("pain"[MeSH Terms] OR "pain"[All Fields]) OR ("pain"[MeSH Terms] OR "pain"[All Fields] OR "ache"[All Fields]))
   Всего нашлось 832 статьи, посвященных боли зуба мудрости. Как видно, PubMed распознал термин "wisdom tooth" как "third molar". Кроме того, в MeSH можно найти определение этого термина. Оно звучит так: "The aftermost permanent tooth on each side in the maxilla and mandible", то есть "задний коренной зуб на каждой стороне верхней и нижней челюсти".
   
   
4. Поэскпериментировал с PubMed и придумал следующее упражнение:
   Найдите ссылки на статьи, посвященные болезни Альцгеймера (Alzheimer's disease), и сохраните в файл query_add3.txt ссылки на 50 статей, опубликованных позже всех (50 последних статей).
   
   Я выполнил это задание. В целом запрос выглядел так:
   "alzheimer disease"[MeSH Terms] OR ("alzheimer"[All Fields] AND "disease"[All Fields]) OR "alzheimer disease"[All Fields] OR ("alzheimer's"[All Fields] AND "disease"[All Fields]) OR "alzheimer's disease"[All Fields]
   Всего нашлось 63854 статьи, посвященные этой болезни. Затем я отсортировал их по дате опубликования и запросил показывать на странице 50 ссылок. После этого я сохранил страницу в текстовом формате. Ссылки на 50 последних статей были сохранены в файле query_add3.txt.