SRS

1. По структуре описания MRS и SRS очень похожи друг на друга (в последовательности описания), разница лишь в полях особенностей (FT): в MRS это просто список особенностей (как в текстовом файле), в SRS же кроме списка отмечено расположение всех "особенных" аминокислотных остатков в цепи белка. UniProt отличается от двух других систем по последовательности описания; поле особенности отмечено как в виде списка, так и расположения в полипептидной цепи. Кроме того, в UniProt разными цветами указаны участки вторичной структуры полипептидной цепи белка.
   
   На мой взгляд, наиболее удобной является система SRS, расположение "особенных" аминокислотных остатков в цепи белка в этой системе показано наиболее наглядно.
   
   
   
2. С помощью возможностей страницы с описанием поля "Taxonomy" банка SwissProt установлено:
   • На "gam" начинаются названия следующих таксонов: gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea.
   • Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - gammaproteobacteria.
   • Записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий, в банке SwissProt 83513.
   
   
   
3. Запросы белков гамма-протеобактерий к банку SwissProt, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка (DPS_ECOLI).

   Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
   DNA protection during starvation protein	(((((([swissprot-Description:DNA*] & [swissprot-Description:protection*]) & [swissprot-Description:during*]) & [swissprot-Description:starvation*]) & [swissprot-Description:protein*]) | [swissprot-Description:DNA protection during starvation pro tein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	39
   DNA protection protein	(((([swissprot-Description:DNA*] & [swissprot-Description:protection*]) & [swissprot-Description:protein*]) | [swissprot-Description:DNA protection protein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	39
   "DNA protection during starvation protein"	([swissprot-Description:DNA protection during starvation pro tein] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])	39
   starvation	([swissprot-Description:starvation] & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria])	55

   
   
   
4. Для сохранения в формате fasta мною были выбраны записи из следующего варианта запроса:
   (((((([swissprot-Description:DNA*] & [swissprot-Description:protection*]) & [swissprot-Description:during*]) & [swissprot-Description:starvation*]) & [swissprot-Description:protein*]) | [swissprot-Description:DNA protection during starvation pro tein*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]).
   Эти 39 записей сохранены в файле proteins.fasta.

Дополнительные задания

1. Для поиска статей последних двух-трех лет, в аннотациях которых упоминается мой белок, в банке MEDLINE я ввел в поле "Abstract" название моего белка (DNA protection during starvation protein), а в поле "Year" годы создания статей (2007|2008|2009). В итоге запрос получился следующий:
   (((((([medline-Abstract:DNA*] & [medline-Abstract:protection*]) & [medline-Abstract:during*]) & [medline-Abstract:starvation*]) & [medline-Abstract:protein*]) | [medline-Abstract:DNA protection during starvation protein* ]) & (([medline-Year#2007:2007] | [medline-Year#2008:2008]) | [medline-Year#2009:2009])).
   Нашлось 5 статей, в которых упоминается мой белок:
   Construction of a dps mutant and its functional analysis in Deinococcus radiodurans (Yan,Z.Y. , Xu,Z.J. , Xu,G.Z. , Tian,B. , Hua,Y.J.);
   The N-terminal extensions of Deinococcus radiodurans Dps-1 mediate DNA major groove interactions as well as assembly of the dodecamer. (Bhattacharyya,G. , Grove,A.);
   Evidence for glycosylation on a DNA-binding protein of Salmonella enterica. (Hanna,E.S. , Roque-Barreira,M.C. , Bernardes,E.S. , Panunto-Castelo,A. , Sousa,M.V. , Almeida,I.C. , Brocchi,M.);
   Identification of fasting-induced genes in the rat hypothalamus: relationship with neuroprotection. (Chiba,T. , Fujita,S. , Kubota,H. , Inoue,D. , Mizuno,A. , Komatsu,T. , Yamaza,H. , Higami,Y. , Shimokawa,I.);
   Identification and characterization of the dps promoter of Mycobacterium smegmatis: promoter recognition by stress-specific extracytoplasmic function sigma factors sigmaH and sigmaF. (Chowdhury,R.P. , Gupta,S. , Chatterji,D.).
   
   
2. Чтобы найти статьи, опубликованные в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах, я ввел в поле "Year" годы (1970:1979), а в поле "Authors" транскрипцию имени автора латиницей (так как я не знаю третьей буквы его фамилии, ввел в поле Ne*fakh,a.a.). Таким образом, получился следующий запрос:
   ([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:Ne*fakh,a.a*]).
   Нашлось 27 статей, опубликованных в 1970-е годы, среди авторов которых был А.А.Нейфах (причем, интересно то, что в латинице имеется 3 разные транскрипции фамилии этого ученого).
   
   А.А.Нейфах увлекался исследованиями цитологии и генетики организмов на стадии эмбрионального развития (на примере гольца, морского ежа, золотой рыбки и амебы). Много статей посвящено генетике во время митоза (например, синтезу РНК в процессе митоза и перемещению ее по клетке).