Работа с PyMOL

Суть задания состоит в поэтапном освоении возможностей PyMol как пакета для моделирования.

  1. Мутагенез в белке записи 1LMP

    Средствами Tc1/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведем мутацию в белке записи 1LMP, которая должна привести к потере связывания с лигандом. Для этого вначале найдем те аминокислотные остатки, которые предположительно связывают лиганд. Определим множество атомов цепи белка, близко расположенных к лиганду, так: 
    select bind, (not het) and (((het and (not resn hoh)) around 5.5)
show surface, bind
    В результате получаем изображение поверхности контакта полипептидной цепи с лигандом:

    Проведем мутацию в аминокислоте, образующей водородную связь с лигандом. Причем, для большей точности, возьмем остаток, прилегающий ближе всего к лиганду. В качестве такого аминокислотного остатка возьмем аспарагиновую кислоту ASP-52. Заменим ее на гидрофобную аминокислоту, например, на валин:

    Сохраним измененную структуру в файле 1lmp_mut.pdb.

  2. Создание анимационного ролика (mpeg)

    Используя команды mset, mview, super, translate создадим анимационный ролик (mpeg), где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Ролик был сохранен в файле mutation.mpg

  3. Построение поли-аланиновой последовательности в форме валентинки

    Создадим поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы будем использовать режим Editing и манипулирование торсионными углами. Ctrl+RightClick - выбор связи, Ctrl+LeftClick - вращение. Изображение последовательности представлено ниже:

  4. Написание скрипта для построения поли-аланиновой альфа-спирали длиной 100 аминокислот

    Скрипт был сохранен в файле alahelix.pml.

Назад