Контакты альфа-спирали Phe59-Gln86 с остальной структурой

На рисунке (вверху) представлена структура водородных связей атомов кислорода и азота альфа-спирали Asn58-Leu87 с атомами кислорода и азота остальной части белка. Расстояние между атомами, образующими водородные связи, не более 3,7 ангстрем. Лентой изображена альфа-спираль, синими и красными кружками - атомы азота и кислорода соответственно, образующие водородные связи. Кружками с подписями изображены атомы кислорода и азота, образующие водородные связи с альфа-спиралью (расположенные не в альфа-спирали). Из рисунка видно, что гидрофильные контакты спирали с остальной частью молекулы неравномерно распределены в пространстве. Данный рисунок может быть получен с помощью скрипта hydro.spt. Открыть рисунок в отдельном окне

На рисунке (вверху) представлен вид с полюса альфа-спирали на гидрофильные контакты. Открыть рисунок в отдельном окне

На рисунке (вверху) представлена структура гидрофобных взаимодействий атомов углерода и серы радикалов аминокислотных остатков альфа-спирали Asn58-Leu87 с атомами углерода и серы радикалов аминокислотных остатков остальной части белка. Расстояние между атомами, образующими гидрофобные взаимодействия, не более 5 ангстрем. Лентой изображена альфа-спираль, серыми и желтыми кружками - атомы углерода и серы соответственно, образующие гидрофобные взаимодействия. Кружками с подписями изображены атомы углерода и серы, образующие гидрофобные взаимодействия с альфа-спиралью (расположенные не в альфа-спирали). Из рисунка видно, что гидрофобные контакты спирали с остальной частью молекулы неравномерно распределены в пространстве, как и в случае с гидрофильными контактами. Данный рисунок может быть получен с помощью скрипта hydrophob.spt. Открыть рисунок в отдельном окне

На рисунке (вверху) представлен вид с полюса альфа-спирали на гидрофобные взаимодействия. Из рисунка видно, что слева спираль с гидрофобными остатками не контактирует. Это объясняется тем, что с этой стороны альфа-спираль находится на поверхности белка. Открыть рисунок в отдельном окне