Практикум 10

Задание 1-2

Выбранные организмы:

1) Bacillus cereus Rock1-15 (организм №1)

2) Bacillus cereus Rock3-29 (организм №2)

3) Bacillus cereus Rock4-18 (организм №3)

Blastn (blast2seq), E-value = 1E-50

Рис. 1. Карта локального сходства выравнивания геномов организмов №1 и №2

Рис. 2. Карта локального сходства выравнивания геномов организмов №1 и №3

Рис. 3. Карта локального сходства выравнивания геномов организмов №2 и №3

Таблица 1. Характеристики выравниваний
Выравнивание	Max score	Total score	Query cover	E-value	Ident	Количество гомологичных участков
№ 1-2	1.250e+05	6.994e+06	81%	0.0	93%	1737
№ 1-3	1.250e+05	7.052e+06	82%	0.0	93%	1805
№ 2-3	2.866e+05	9.767e+06	90%	0.0	99%	1740

Задание 3

Как можно видеть, все три генома ложатся друг на друга очень хорошо, последовательности практически идентичны. Однако, также хорошо видно, что имеют место геномные перестройки:

Рис. 4. Анализ геномных перестроек по карте локального сходства выравнивания геномов организмов №1 и №2

1) Синим кругом отмечено место вероятной дупликации участка генома;

2) Красным кругом обозначена делеция;

3) Зеленым кругом обозначена инверсия.