Практикум 13

Задание 1

Получите из файла в выравниванием файл с чтениями в формате fastq

/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools bamtofastq -i sort_align.bam -fq sort_align.fq

sort_align.fq

Задание 2

Получите файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов.

/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools getfasta -fi chr22.fasta -bed gene1.bed -fo gene_1.fasta -name

gene_1.fasta

Задание 4

Объедините Ваши чтения в кластеры (используйте bed файл с выровненными чтениями из Обязательной части задания)

/P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools cluster -i sort_align.bed -s > cluster.bed

cluster.bed