 |
 |
Учебный сайт Морозова Александра |
<< Назад к странице 3 семестра
Практикум 2Задание №1Комментарий:В предложенных для скачивания файлах - модели структур A-, B- и Z-формы ДНК, полученные с помощью программы fiber. В качестве последовательности для каждой нити была использована 5 раз повторенная последовательность "gatc". Ссылки для скачивания:gatc-a.pdb; gatc-b.pdb; gatc-z.pdb. Задание №2Упражнение 1. Рис. 1. Изображение цитозина с атомами, окрашенными в зависимости от расположения относительно большой и малой бороздок. Комментарий:В сторону Большой бороздки обращены атомы: с32.c6, c32.c5, c32.c4, c32.n4 (красные) В сторону Малой бороздки обращены атомы: с32.o2, с32.c2, с32.n1 (синие) Атом N3 не обращен ни в одну из бороздок Упражнение 2.
Задание №3Упражнение 1.В таблице 2 представлены средние значения торсионных углов заданной тРНК (PDB ID: 1o0c) и трех форм ДНК, полученных в предыдущем задании. Данные о значениях торсионных углов извлечены из файлов gatc-a.out; gatc-b.out; gatc-z.out; trna.out. Файлы получены в результате работы программ find_pair и analyze, средние значения посчитаны в программе Excel. Как можно видеть из таблицы, форма тРНК наиболее близка А-форме ДНК: значения углов gamma, delta, zeta, chi для них наиболее схожи. В таблице 3 представлены средние значения торсионных углов заданных тРНК (PDB ID: 1o0c) и ДНК (PDB ID: 1dsz). Файл dna.out так же был получен в результате работы программ find_pair и analyze, средние значения посчитаны в программе Excel. Самыми "деформированными" нуклеотидами оказались: A14 (1 цепь ДНК) - сильные отклонения от среднего по углам alpha, beta, gamma, epsilon; T8 (2 цепь ДНК) - менее "деформирован", чем А14 первой цепи, наиюольшие отклонения по углам beta, epsilon; 10G (тРНК) - наиболее сильное отклонение по углам alpha, beta, gamma. Упражнение 2.1) Нуклеотиды, образующие стебли во втоичной структуре тРНК: Акцепторный стебель:
902_:[..G]G-----C[..C]:.971
903_:[..G]G-----C[..C]:.970
904_:[..G]G-----C[..C]:.969
905_:[..G]G-----C[..C]:.968
906_:[..U]U-----A[..A]:.967
907_:[..A]A-----U[..U]:.966
T-стебель
949_:[..C]C-----G[..G]:.965
950_:[..G]G-----C[..C]:.964
951_:[..A]A-----U[..U]:.963
952_:[..G]G-----C[..C]:.962
953_:[..G]G-----C[..C]:.961
Антикодоновый стебель
939_:[..U]U-----A[..A]:.931
940_:[..C]C-*---G[..G]:.930
941_:[..C]C-----G[..G]:.929
942_:[..G]G-----C[..C]:.928
943_:[..G]G-----C[..C]:.927
D-стебель
910_:[..G]G-----C[..C]:.925
911_:[..C]C-----G[..G]:.924
912_:[..C]C-----G[..G]:.923
Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру
919_:[..G]G-----C[..C]:.956
954_:[..U]U-**--A[..A]:.958
955_:[..U]U-**+-G[..G]:.918
913_:[..A]A-**+-A[..A]:.945
914_:[..A]A-**--U[..U]:.908
915_:[..G]G-**+-C[..C]:.948
937_:[..A]A-**--U[..U]:.933
938_:[..U]U-**--U[..U]:.932
944_:[..C]C-**--A[..A]:.926
2) Неканонические пары оснований в структуре тРНК: 954_:[..U]U-**--A[..A]:.958 O2 - N6 2.67 N3 - N7 3.19 - не канонич. т.к. связь между O2 и N6, N3 и N7, а должна быть N6 - O4, N1 - N3
955_:[..U]U-**+-G[..G]:.918 O2 - N2 2.90
937_:[..A]A-**--U[..U]:.933 N6 - O2 3.25 - не канонич. т.к. связь между O2 и N6, а должна быть N6 - O4
938_:[..U]U-**--U[..U]:.932 O4 - N3 2.80
940_:[..C]C-*---G[..G]:.930 O2 - N1 2.81 N3 * O6 3.29 - не канонич. т.к. связь между O2 и N1, N3 и O6, а должна быть O6 - N4, N1 - N3, N2 - O2
944_:[..C]C-**--A[..A]:.926 O2 * N1 3.86 N3 - N6 3.77
913_:[..A]A-**+-A[..A]:.945 N6 - N1 3.51 N1 - N6 3.53
914_:[..A]A-**--U[..U]:.908 N7 - N3 2.85 N6 - O2 2.81 - не канонич. т.к. связь между O2 и N6, N3 и N7, а должна быть N6 - O4, N1 - N3
915_:[..G]G-**+-C[..C]:.948 N1 - O2 2.89 N2 - N3 2.58 - не канонич. т.к. связь между O2 и N1, N3 и O6, а должна быть O6 - N4, N1 - N3, N2 - O2
Упражнение 3. Рис. 2.Изображение двух пар нуклеотидов с наибольшим перекрыванием В файле trna.out обнаружил, что наибольшую плошадью перекрывания имеют пары GU/AC: 11.35 Å^2 (№11 в списке). При этом наименьшую площадь перекрывания имеют сразу несколько последовательностей пар: № 13, 21, 27. Для них она составляет 0 Å^2. |
||||||||||||||||||||||||||||