Практикум 6

Задание №1

Нечитаемые участки:

Прямая последовательность:

5' : 1 - 45 (45 нукл)

3' : 560 - 656 (96 нукл)

Обратная последовательность:

5' : 1 - 70 (70 нукл)

3' : 610 - 650 (40 нукл)

Ссылки:

Прямая (1944_COI_F_C11) исправленная последовательность

Обратная (1944_COI_R_C12) исправленная последователность

Jalview-проект выравнивания

Исходная прямая

исходная обратная

Как можно видеть, в прямой последовательности (сверху) из-за шума, похожего на гуанин, программа не смогла определить нуклеотид после С-234. На основании второй последовательности, принял решение, что здесь тимин.

Аналогично здесь же, но во второй последовательности программа не смогла определить нуклеотид после T-260 из-за маленького сигнала истинного нуклеотида и высокого шума. На основании данных первой последовательности, принял решение, что это цистеин

Здесь, видимо, из-за пятна краски прямая последовательность стала нечитаемой. Восстановлена по соответствующему участку обратной последовательности

Здесь из-за достаточно высокого уровня шума можно предположить, что это полиморфизм, однако обратная последовательность дает четкое представление о данном участке.

В целом, за исключением первых и последних участков,а также предполагаемых пятен краски, обе хроматограммы являются качественными, с низким уровнем шума и, в среднем, довольно высоким уровнем сигнала. Там, где уровень сигнала низок, две хроматограммы хорошо дополняют друг друга и позволяют делать однозначные выводы. Интересно, что таких аномалий, как полиморфизмы или появление чужой ДНК, не обнаружено.

Задание 2

Рис. 1.Изображение нечитаемого фрагмента

В данном фрагменте также, видимо, присутствует пятно краски, но т.к. аналогичного фрагмента прямой последовательности нет, данный участок нечитаем