 |
 |
Учебный сайт Морозова Александра |
<< Назад к странице 3 семестра
Практикум 9Упражнение №1Задание:Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл Исходные данные:Файлы с диска P. Ссылка на архив с файлами. Их имена: AAC74885.2.fasta; AAC74886.1.fasta; AAC74887.1.fasta; AAC74888.1.fasta; AAC74889.2.fasta; AAC74890.1.fasta; AAC74891.2.fasta; AAC74892.1.fasta; AAC74893.1.fasta. Использованная команда:Данное задание я выполнил двумя способами. Первый - командой EMBOSS seqret. Однако здесь был нюанс, который заключался в том, что все указанные файлы содержат в названии ДВЕ точки: AAC74885 . 2 . fasta. Из-за этого, при попытке ввести параметры самому, возникала ошибка: $ seqret AA*.fasta united1.fasta Error: Argument 'AAC74887.1.fasta' : Too many parameters 3/2 Когда же я вводил команду seqret без параметров, после чего отвечал на ее вопросы, все получалось: $ seqret Read and write (return) sequences Input (gapped) sequence(s): AA*.fasta output sequence(s) [3_cds_aac74886.fasta]: united.fasta ls AAC74885.2.fasta AAC74887.1.fasta AAC74889.2.fasta AAC74891.2.fasta AAC74893.1.fasta AAC74886.1.fasta AAC74888.1.fasta AAC74890.1.fasta AAC74892.1.fasta united.fasta Ссылка на файл united.fasta доступна ниже. Второй способ - использование команды cat: cat AA*.fasta >> united_cat.fasta Результат был аналогичен использованию seqret. Ссылка на файл united_cat.fasta доступна ниже. Результаты:united.fasta; united_cat.fasta Упражнение №2Задание:Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы Исходные данные:Файл coding1.fasta из папки to_split диска P. Использованная команда:seqretsplit Read sequences and write them to individual files Input (gapped) sequence(s): coding1.fasta output sequence(s) [3_cds_aac73113.fasta]: ls coding1.fasta u00096.3_cds_aac73115.1_4.fasta u00096.3_cds_aac73118.1_7.fasta u00096.3_cds_aac73121.1_10.fasta u00096.3_cds_aac73113.1_2.fasta u00096.3_cds_aac73116.1_5.fasta u00096.3_cds_aac73119.1_8.fasta u00096.3_cds_aac73122.1_11.fasta u00096.3_cds_aac73114.1_3.fasta u00096.3_cds_aac73117.1_6.fasta u00096.3_cds_aac73120.1_9.fasta Результаты:Упражнение №4Задание:Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле. Исходные данные:Файл coding1.fasta Использованная команда:Задал команду без дополнительных параметров, поэтому были использованы значения по умолчанию. transeq coding1.fasta translated.fasta Translate nucleic acid sequences Результаты:Упражнение №5Задание:Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках. Исходные данные:Файл с диска P coding.fasta Использованная команда:Поскольку каждая аминокислота кодируется триплетным кодоном, то и различных рамок считывания может быть три, в зависимости от того, с какого по номеру нуклеотида первого кодона начинается трансляция. В программе transeq они обозначаются 1, 2, 3. Если рассматривать также реверсную последовательность, число рамок считывания увеличивается до 6. В программе transeq реверсные рамки обозначаются -1, -2, -3. В итоге получаем разные белки. transeq -frame 6 coding.fasta 6frames.fasta Translate nucleic acid sequences Результаты:Упражнение №6Задание:Перевести выравнивание из fasta формата в формат .msf Исходные данные:Файл с диска P alignment.fasta Использованная команда:seqret alignment.fasta msf::alignment.msf Read and write (return) sequences Результаты:Упражнение №7Задание:Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число Исходные данные:Файл alignment.msf, полученный в предыдущем упражнении Использованная команда:-refseq 2 означает, что сравнение производится относительно второй последовательности в выравнивании; -only -idcount -name означает, что я прошу выдать только имя последовательности и число букв данной последовательности, совпадающих с последовательностью сравнения. Как можно видеть, сама вторая последовательность тоже присутствует в списке, и число напртив нее можно интерпретировать также и как длину этой последовательности. infoalign alignment.msf -stdout -refseq 2 -only -idcount -name Display basic information about a multiple sequence alignment Output file [stdout]: Результаты:PHZA_PSECL 90 VIBB_VIBCH 293 YRDC_BACSU 37 Y2499_AGRT5 44 Y2795_CAUCR 49 RUTB_ECO57 49 YECD_ECOLI 40 Y4030_CLOAB 34 YWOC_BACSU 46 Упражнение №8Задание:(featcopy) Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff Исходные данные:Файл с диска P chromosome.gb Использованная команда:featcopy chromosome.gb chromosome.gff Read and write a feature table Warning: Unrecognised special GFF feature tag 'ncrna_class' Результаты:Упражнение №10Задание:Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности. Исходные данные:Использованная команда:shuffleseq coding.fasta fasta::shuffled.fasta Shuffle a set of sequences maintaining composition Результаты:Упражнение №13Задание:Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях Исходные данные:Файл coding.fasta Использованная команда:cusp coding.fasta codones.cusp Create a codon usage table from nucleotide sequence(s) Результаты:Упражнение №15Задание:(tranalign) Выровняйте кодирующие последовательности соответственно выравниванию белков - их продуктов Исходные данные:Файлы с диска P: gene_sequences.fasta; protein_alignment.fasta Использованная команда:tranalign gene_sequences.fasta protein_alignment.fasta gene_alignment.fasta Generate an alignment of nucleic coding regions from aligned proteins Результаты:gene_alignment.fasta; gene_alignment.msf Упражнение №19Задание:Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто Исходные данные:Отсутствуют Использованная команда:makenucseq -amount 3 -length 100 -outseq fasta::random.fasta Create random nucleotide sequences Codon usage file (optional): Результаты: |