3. Молекулярная масса белка PCRB_Bacsu-24895 а.е.м.
См. книгу Credit2.xls,лист MW
Формула: (Сумма по таблице всех масс а.о.)-(атомная масса воды)*(кол-во а.о.-1)
4. Аминокислотный состав белка PCRB_BAСSU
Аминокислота
Частота
Самые частые аминокислоты-V,A Самые редкие
аминокислоты-H,W Вычисления проведены с помощью функции СЧЕТЕСЛИ, См.
книгу pcrb_aa.xls,лист aa_frequencies
A
11%
C
2%
D
8%
E
9%
F
3%
G
7%
H
1%
I
6%
K
7%
L
9%
M
4%
N
3%
P
3%
Q
2%
R
2%
S
4%
T
4%
V
11%
W
1%
Y
4%
5. Средний электрический заряд молекулы
Заряд равен -18,5e
Вводим данные о заряде аминокислот с помощью функции ЕСЛИ. Заряд аргинина и лизина имеют средний
заряд, равный +1е, гистидина - +0.5е, а остальные 0
Функция задается так:
=ЕСЛИ(A1=$A$15;1;ЕСЛИ(A1=$A$9;1;ЕСЛИ(A1=$A$7;0,5;ЕСЛИ(A1=$A$3;-1;ЕСЛИ(A1=$A$4;-1;0)))))
Заряд считается так :
Через функцию Суммпроизв, то есть, зная встречаемость в нашем белке каждой аминокислоты,
домнажаем столбик с зарядами на столбик с встерчаемостью соответственно и складываем, получается
=СУММПРОИЗВ(B1:B20;C1:C20)
Можно было это сделать через функцию СЧЕТЕСЛИ. Найти сколько аминокислот имеют заряд 1;-1;0,5.
Каждое число домножить на сооответствующий заряд и сложить
=(СЧЁТЕСЛИ(G1:G228;1)-СЧЁТЕСЛИ(G1:G228;-1)+0,5*СЧЁТЕСЛИ(G1:G228;0,5)) См. книгу Credit2.xls, лист Charge
6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также с
аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии
1-гидрофобные, 2-гидрофильные, 3-можно отнести к обоим классам
Вывод: Белок PCRB_Bacsu скорее всего немембранный, потому что диаграмма мембранного белка
отличается от диаграммы заданого белка.
См. книгу pcrb_aa.xls , лист HPhob_comparison
