Множественное выравнивание последовательностей.
1.Выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", в GeneDoc более наглядно, чем в формате fasta, так как одинаковые аминокислотные остатки стоят стоят друг под другом и также консервативные и функционально консервативные аминокислотные остатки выделены, что дает возможность созданию полной картины о данном множественном выравнивании.
fasta формат и msf
2.В выравнивании есть участки с большой долей консервативных позиций: 7-15, 35-41, 54-58, 100-105, 159-164, 184-190, 206-210 (т.к. мой белок начинается непосредственно с первого а.о. в данном множественном выравнивании, то эта нумерация подходит и если считать по остаткам моего белка). В общем, я думаю, что можно считать биологическим данное выравнивание, поскольку присутствуют длинные участки консервативности.
Выравнивание в формате msf
© Шерстюк Александра, MSU 2009