Паттерны и банк Prosite

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

1.
Выбранный фрагмент выравнивания
В розовой рамочке находится выбранный фрагмент. Он состоит из 14 аминокислотных остатков.

2. Создание паттернов аминокислотных последовательностей.

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности S-D-G-V-T-E-D-N-V-L-R-M-M-S 1 да
Сильный [TS]-D-[NG]-V-T-[ELI]-[DE]-[NG]-V-[IL]-[QRD]-[LM]-[ML]-[SVA] 8 да
Слабый [NG]-[VI]-T-X-[DE]-[NG]-V-[LIMV]-[QRD]-[ILMV] 9 да

  2. Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке XXXX_BACSU
Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site паттерн [ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site] неспецифична 4
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site паттерн [ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site] неспецифична 2
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation sitу паттерн [ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site] неспецифична 1


© Шерстюк Александра, MSU 2009