Pfam

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

1.

Доменная структура белка PCRB_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
(по-русски! и желательно с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка PCRB_BACSU Клан
1. PF01884 PcrB PcrB family. Семейство доменов содержит близкородственные к PcrB белки прокариот. Белки PcrB часто содержат сайт, связывающий Флавинмононуклеотид (FMN), НО в целом, функция этих белков не до конца изучена. 2–226 Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства
2.      

2.

Представленность домена PF01884 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF01884.
Эукариоты Зеленые растения 0
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 0
Бактерии 159
Археи 83

В эукариотах, судя по приведенным данным, белки с данным доменом заданного белка, не встречаются.
3. Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PcrB  PCRB_BACSU
4. Поскольку у данного домена PF01884 вообще только 2 перестройки, то можно сказать тлоько то, что он может встречаться в начале, причем это в большинстве случаев (250 последовательностей с такой перестройкой), так могут быть и разрывы.





5. msf выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка


6.
1. Как называется самый короткий мотив? - TIGR01768 (GGGP-family). В какой БД он описан? - TIGRFAMs
2. Как называется самый длинный мотив? - MF_00112 (GGGP_synthase) и SSF51395. В какой БД он описан? - Superfamily HMM library и HAMAP
3. Какие структурные подписи интегрированы в InterPro? - первые три (PcrB, GGGP-family)

4. Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam? - Примерно совпадают (например, 2-225 и 2-228 у PcrB)

© Шерстюк Александра, MSU 2009