PSI-BLAST

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

1.Итеративный поиск по банку Swiss-Prot белков PCRB_BACSU, P18196, P0A832 и P17265.

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 6 162 0.005 0.005 881 0.002 0.094
SSRP_ECOLI P0A832 2 514 3e-10 5.4 514 5e-31 0.35
RP5M_RHIME P17265 4 15 0.005 0.12 25 8e-15 0.025
PCRB_BACSU O34790 Больше 5 87 9e-04 0.012 - - -

2. Повторный поиск с повышением порога до 0.001 был проведен для MINC_ECOLI и PCRB_BACSU:

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI P18196 3 115 0.001 0.001 188 3e-10 0.001
PCRB_BACSU O34790 Больше 5 87 9e-04 0.012 - - -

Повторный поиск с повышением порога до 0.00001 был проведен для PCRB_BACSU
ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
PCRB_BACSU O34790 Больше 5 81 4e-06 1e-05 - - -

Повторный поиск с повышением порога до 1e-13 был проведен для PCRB_BACSU
ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
PCRB_BACSU O34790 4 52 7e-15 4e-13 97 2e-16 3e-06


Из этого можно сделать вывод, что ужесточение порога способствует более эффективному поиску.

© Шерстюк Александра, MSU 2009