- Код фермента EC 2.7.1.26
- Расшифровка по пунктам:
EC 2 - Трансфераза (Transferase)
EC 2.7 - Переносчик фосфоро-содержащих групп(Transferring phosphorus-containing groups)
EC 2.7.1 - Фосфотрансфераза с гидроксильной акцепторной группой (Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor)
EC 2.7.1.26 - 6-фосфофруктокиназа (6-phosphofructokinase)
- Уравнение реакции - ATP + D-fructose 6-phosphate = ADP + D-fructose 1,6-bisphosphate
- Графическое изображение:
| KEGG ID | Английское название | Русское название |
|---|---|---|
| eco00010 | Glycolysis / Gluconeogenesis | Гликолиз/Глюконеогенез |
| eco00030 | Pentose phosphate pathway | Пентозофосфатный путь |
| eco00051 | Fructose and mannose metabolism | Метаболизм фруктозы и маннозы |
| eco00052 | Galactose metabolism | Метаболизм галактозы |
| eco00680 | Methane metabolism | Метаболизм метанаи |
| eco01100 | Metabolic pathways | Метаболические пути |
| eco01110 | Biosynthesis of secondary metabolites | Биосинтез вторичных метаболитов |
| eco01120 | Microbial metabolism in diverse environments | Микробный метаболизм в разной среде |
| Русское название | Английское название | ID | Структурная формула |
|---|---|---|---|
| D-глюконат | D-gluconate | C00257 |  |
| D-рибоза | D-ribose | C00121 |  |
Выбранный путь: Пентозофосфатный путь (Pentose phosphate pathway)
Цепочка: D-глюконат -> 6-фосфо-D-глюконат -> D-рибулозо-5-фосфат -> D-рибозо-5-фосфат -> D-рибоза
Возможен обраный путь через глюконеогенез, путем превращения глицеральдегидфосфата в β-D-глюкозу, но в этой карте эти реакции не изображены
| Организм | Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно) |
Обоснование |
| Escherichia coli K-12 MG1655 | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Archaeoglobus fulgidus | нет | неизвестны гены ферментов, катализирующих первую (EC 2.7.1.12) и вторую (EC 1.1.1.44) стадии |
| Arabidopsis thaliana | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Homo sapiens | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего первую стадию (EC 2.7.1.12) |
- Запрос: (([uniprot-ID:*_ARCFU] | [uniprot-ID:*_HUMAN]) & [uniprot-ECNumber:2.5.1.6]) и отключаем маску, чтобы поиск шел именно по 2.5.1.6, а не по 2.5.1.6*
- Нашлось 5 белков у человека с одинаковой доменной организацией(S-AdoMet_synt_N, S-AdoMet_synt_M, S-AdoMet_synt_C ) и один белок у архебактерии с другой доменной организации(AdoMet_Synthase).
По длине один домен архебактерии оказался примерно равным трем человеческим, поэтому я решила выравнить весь белок полностью(у человека я выбрала белок METK1_HUMAN). Белки не очень хорошо выравнились, но возможно эти три домена и один длинный домен архей имеют общего предка, который в первом случае раздробился. - Для дальнейшей работы я выбрала белки METK1_HUMAN и METK_ARCFU
- Лучший ортолог для METK1_HUMAN у архей
- имя гена:Q0W0N8_UNCMA
- идентичность:0.551
- длина выравнивания:393
- организм: Uncultured methanogenic archaeon RC-I
- Лучший ортолог для METK_HUMAN у эукариот
- имя гена:GSTUM_00001574001
- идентичность: 0.219
- длина выравнивания: 373
- организм: Tuber melanosporum Mel28
- Ни один белок не нашелся среди ортологов другого.
- Выравнивание белков METK1_HUMAN и METK_ARCFU
- Файл в формате xlsx с белками, содежащих домен AdoMet_Synthase