Расчёт энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

1) Нам дан 1,2-диметоксиэтан.Его SMILES:COCCOC. Мы разбиваем его на 2 мономера, их SMILES: СОС.

2) Расчитаем частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу.
SMILES: СОСC.

При подсчёте зарядов полезно использовать специальные возможности RED-vIII.4.pl.
Надо добавить директиву в p2n файл mol_red1.p2n об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы из финального файла.
REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R

3) Построение записи для остатка, давайте назовём его EGL:
Изменим файл aminoacids.rtp, добавив в конец запись нашего мономера:
[ EGL ]
 [ atoms ]
    CA    CT           0.02750     1
   HA1    H1           0.05010     2
   HA2    H1           0.05010     3
   HA3    H1           0.05010     4
     O     O          -0.36850     5
    CB    CT           0.13770     6
   HB1    H1           0.02000     7
   HB2    H1           0.02000     8   
   
 [ bonds ]
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA   HA3
    CA     O
     O    CB 
    CB   HB1
    CB   HB2
    CA   +CB
Заряды были взяты из Mol_m1_o1-sm.mol2.

4) Подготовка системы к МД и запуск счёта с шагом lambda 0.1. 
obgen 2.smi > 2.mol
babel -imol 2.mol -opdb 2.pdb
Ante-RED.pl 2.pdb
В полученном PDB-файле был переименован остаток (LIG -> EGL), атомы названы также, как и в aminoacids.rtp. Поскольку получен PDB-файл для димера, то остаткам (мономерам) даны соответствующие номера.Получили файл 2-out.pdb. Подготовка системы к МД в пакете Gromacs:
В итоге с помощью скрипта получили файлы, которые лежат в директории Term6/13.
5) Определение значение энергии и оценка потенциально не точно посчитанных этапов.
g_bar -f */lamda.xvg -o -oi -oh

© Шерстюк Александра, MSU 2012