Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

  • С помощью babel из SMILES был создан файл 1.mol со структурой порфирина.

    Вот такая картинка получилась


    Удалим 2 лишних водорода


    Вот так выглядит молекула после оптимизации с параметрами PM6:


    А вот так - с параметрами AM1:

    obgen представляет молекулу в неплоском виде, а Mopac в плоском.


  • Возбужденное состояние порфирина 
      STATE       ENERGY (EV)        Q.N.  SPIN   SYMMETRY     POLARIZATION
         ABSOLUTE     RELATIVE                            X       Y       Z

    1+    0.000000    0.000000     1+  SINGLET     ????
    2     1.915176    1.915176     1   TRIPLET     ????
    3     2.267958    2.267958     2   SINGLET     ????
    4     2.466034    2.466034     2   TRIPLET     ????
    5     2.827124    2.827124     3   TRIPLET     ????
    6     3.366044    3.366044     4   TRIPLET     ????
    7     3.393080    3.393080     3   SINGLET     ????  0.1971  0.2425  0.0019
    8     3.669831    3.669831     4   SINGLET     ????  2.4324  1.9886  0.0142
    9     3.872391    3.872391     5   SINGLET     ????  1.5095  1.8154  0.0135
 The "+" symbol indicates the root used.

    На основе этих энергий надо вычислить длины волн, после чего посчитать среднее их значение. С помощью вычислений получаем число 441 - синяя область спектра.


  • Геометрия молекулы
    Структура без учета отрицательно заряда

    Структура с учетом отрицательного заряда

    Совмещение двух структур

    Можно видеть, что у двух структур отличаются длины связей кислород-углерод.
  • Тиминовый димер
    Тиминовый димер при заряде системы 0

    Тиминовый димер при заряде системы +2

    Два тимина при заряде системы 0


    TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
    TOTAL ENERGY = -3253.90834 EV
    TOTAL ENERGY = -3273.69661 EV
    Переход в начальное состояние не произошел из-за того, что переход в начальное состоянее менее энергетически выгоден.

    © Шерстюк Александра, MSU 2012