Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

В первую очередь были созданы необходимые файлы топологии, индекс файл и прочее.

Метод

pdb файл

График энергий

Гистограмма длин связей C-C

be


pdb
Длины связей почти не меняются. Молекула вращается вокруг C-C связи и вокруг ее середины.



vr


pdb
Хаотические движения, длины связей меняются.



nh

pdb
Молекула только вращается вокруг оси связи C-C.



an

pdb
Молекула просто подрагивает.



sd

pdb
Молекула хаотически движется, что-либо понять невозможно.





© Шерстюк Александра, MSU 2012