Анализ результатов моделирование перехода А-формы ДНК в В-форму в воде.
Было дано 3 файла - для минимизации энергии, для утряски воды, для молекулярной динамики.
PDB файл с анимацией перехода ДНК из A- в B-форму.
Силовое поле, использовавшееся при построении топологии - amber99sb. В данном файле представлены параметры моделирования.
B-форма молекулы ДНК образуется в момент времени t=9800.00000
Определим средне-квадратичное отколнение в ходе моделирования. Так как у нас происходит конформационный переход, сначала расчитаем отклонение в ходе всей симуляции относительно стартовой структуры.
И относительно каждой предыдущей структуры на растоянии 400 кадров. Если ближе к концу закончился конформационный переход, то отколнение должно уменьшаться.
Определим изменение гидрофильной и гидрофобной поверхностей, соответственно, в ходе конформационного перехода.
Традиционным анализом для ДНК является расчёт количества образуемых водородных связей. Если мы будем исследовать связи между ДНК и ДНК, то это будут водородные связи между цепями ДНК. Для конца траектории:
Не менее интересно будет изучить количество вдородных связей ДНК-Вода:
На данном рисунке, в другом масштабе, лучше понятно поведение кривой:
Видно, что число водородных связей ДНК-вода находится примерно на одном уровне в течение всего перехода; число водородных связей ДНК-ДНК меняется во времени.
© Шерстюк Александра, MSU 2012