Ботулинический нейротоксин А (BotA) принадлежит к цинк-зависимым гидролазам [1] и связан с возникновением детского ботулизма (возбудитель — бактерия Clostridium botulinum). Информация о белке, полученная из записи NC_012563.1 базы NCBI с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1.
Таблица 1. Информация о ботулиническом нейротоксине А из генома бактерии Clostridium botulinum, штамм A2 str. Kyoto (идентификатор YP_002803127.1 в базе RefSeq).
Вид информации |
Квалификатор в записи генома |
Значение |
Локус гена в геноме |
/locus_tag |
CLM_0897 |
Имя гена |
/gene |
botA |
Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene |
/db_xref="GeneID:..." |
7766540 |
Начало гена в геноме |
956 218 |
|
Конец гена в геноме |
960 108 |
|
Направление цепи |
Прямая |
|
Длина гена (в bp) |
3891 |
|
Идентификатор белка в базе NCBI Protein |
/protein_id |
YP_002803127.1 |
Длина белка (в аминокислотных остатках) |
1296 |
На рис.1 изображена окрестность гена botA.
Рисунок 5. Окрестность гена ботулинического нейротоксина А из генома бактерии Clostridium botulinum, штамм A2 str. Kyoto. Расположение гена отмечено цветом. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Подробная информация о расположении генов из окрестности botA (координаты, расстояние до botA и рамка считывания относительно него) приведена в таблице 2.
Таблица 2. Информация о генах из окрестности гена ботулинического нейротоксина А из генома бактерии Clostridium botulinum, штамм A2 str. Kyoto.
Ген |
Координаты начала |
Координаты конца |
Расстояние до botA (bp) |
Направление цепи |
Рамка считывания относительно botA |
ntnH |
952 695 |
956 174 |
43 |
Прямое |
+3 |
p47 |
951 729 |
952 679 |
3538 |
Прямое |
+3 |
CLM_0898 |
960 771 |
960 890 |
662 |
Прямое |
+3 |
CLM_0899 |
961 128 |
962 078 |
1019 |
Прямое |
+3 |
Источники:
[1] С. Д. Варфоломеев, А. Е. Пожитков. Активные центры гидролаз: основные типы структур и механизм катализа. / Вестник московского университета сер. 2. химия. 2000. Т. 41. № 3