Работа с KEGG Orthology

Семестры • Четвертый семестр • Работа с KEGG Orthology

Я работал с реакцией пуринового цикла 3.6.1.5.(рис.1, выделена красным), катализируемой АТФ-азой (KEGG Orthology). Схема реакции представлена на рис.2.

Реакция катализируется тремя группами ортологов с идентификаторами K01510(148 белков), K14641(85) и K14642(30). Я скачал последовательности всех этих белков, выровнял с помощью Muscle. Скачать: Выравнивание, Проект. Я удалил из выравнивания последовательность V7COW9_PHAVU|K14641, так как она плохо выравнивалась с остальными.

Построенное дерево представлено на рис. 3. В дереве нет ветвей, отделяющих одну группу ортологов от другой полностью (т.е. трех ветвей с последовательностями, принадлежащими только одной группе ортологов). Есть ветви, полностью отделяющие K14641 и K14642. K01510 оказывается разбитой на две ветви.

Есть группа белков, отделенная длинной ветвью (с поддержкой 99), внутри которой все ветви короткие. В группу входят белки G8UUS9_LEGPN, Q5ZWW3_LEGPH, R9SCT7_LEGPN, D5TBQ6_LEGP2, I7I2P0_LEGPN, A5IFT8_LEGPC, I7I509_LEGPN, Q5WXU1_LEGPL, M4SEY2_LEGPN, Q5X6D3_LEGPA; все принадлежат группе K01510. Эти белки должны быть очень близки, что подтверждается выравниванием.