Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги

Семестры • Четвертый семестр • Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

В первом задании я построил филогенетическое дерево тех же бактерий, что и раньше, используя последовательности 16sRNA. Последовательности содержатся в файлах .frn, полученных с ftp-сервера NCBI.

Выравнивание последовательностей было построено с помощью Muscle, дерево было построено методом Maximum likelihood. Дерево показано на рис.1.

Это дерево отличается от построенного в первом практикуме. В нем есть нетривиальная ветвь, отделяющая (BACSU,STAES), и нет ветви, отделяющей (BACSU,LISMO), которая есть в исходном. Также есть ветвь, отделяющая (CLOB1,CLOTE,LACAC), в отличие от исходного.

Паралоги

Я построил дерево гомологов белка CLPX_BACSU в протеомах данных бактерий, найдя последовательности с помощью Blast, выровняв Muscle и построив дерево с помощью Maximum likelihood.

Дерево представлено на рис.2.

Пример ортологов: CLPX_CLOTE и CLPX_CLOB1; CLPX_ENTFA и CLPX_STRPN; CLPY_BACSU и HSLU_LISMO.

Пример паралогов: Q898D1_CLOTE и Q891B9_CLOTE; A7FYT8_CLOB1 и A7FZB1_CLOB1.