Диагностические позиции

Семестры • Четвертый семестр • Диагностические позиции

При выполнении практикума я построил дерево методом Neighbor-Joining using % identity, используя множественное выравнивание последовательностей белка фактора элонгации трансляции G(EFG). Дерево представлено на рис.1.

Выравнивание, с которым я в данном задании и буду работать, представлено на рис.3. Диагностические позиции - такие позиции выравнивания, по которым можно судить о принадлежности последовательности выравнивания организму определенного таксона. В ходе поиска таких позиций я заметил, что они гораздо лучше коррелируют с деревом, представленным на рис.2 (истинное дерево из первого практикума), нежели на дереве, построенным с помощью алгоритма Neighbor Joining. Поэтому и дальнейшую аннотацию позиций я буду вести по истинному дереву (см.рис.2. На нем также введена цветовая маркировка таксонов и близких организмов, не образующих выделенный таксон. Так, светло-голубой - это {ENTFA,STRPN}, синий - {ENTFA,STRPN,LACAC}, то есть порядок Lactobacillales. Пастельный зеленый - {BACSU,LISMO}, темно-зеленый - порядок Bacillales, {BACSU,LISMO,STAES}. Желтый - класс Bacilli со всеми ранее перечисленными, и красный - класс Clostridia с {CLOB1,CLOTE}. Эта же цветовая схема отражена на выравнивании, что позволяет наглядно рассмотреть диагностические позиции.

Наибольшее число таких позиций позволяют различить классы Bacilli и Clostridia.