Внутримолекулярные взаимодействия в белке
Bontoxilysin A
Семестры • Второй семестр • Внутримолекулярные взаимодействия в белке Bontoxilysin A
Гидрофобными атомами в молекуле белка являются все атомы S и C, не связанные с полярными. Располагаются эти атомы в остатках всех аминокислот.
На рис.1 серо-синим цветом в шаровой модели показаны гидрофобные атомы, гидрофильные атомы показаны в проволочной модели. На рис.2 гидрофильные атомы показаны в шаровой модели зеленым цветом, видно, что гидрофильные группы лежат снаружи гидрофобных, на поверхности белка.
Рисунок 1. Гидрофобные атомы в белке Bontoxilysin A. Гидрофобные атомы выделены серо-синим цветом и представлены в шаровой модели, гидрофильные — в проволочной.
Рисунок 2. Гидрофобные и гидрофильные атомы в белке Bontoxilysin A. Гидрофобные атомы выделены серо-синим, гидрофильные — зеленым.
Кластер — группу гидрофобных атомов, лежащих на поверхности отдельно от остальных, — самостоятельно мне определить не удалось, так как на поверхности белка нет изолированных групп гидрофильных атомов. Один из кластеров, определенных программой CluD, представлен на рис.3.
Рисунок 3. Кластер гидрофобных атомов. Определен программой CluD.