Psi-Blast (Position-Specific Iterated BLAST) — один из алгоритмов для поиска гомологов белка, применяющий позиционно-специфическую матрицу (PSSM), предполагающий несколько итераций и предназначенный для идентификации семейств белков.
Для работы я взял белок с идентификатором Q04719. Я провел несколько итераций Psi-Blast, данные по ним приведены в таблице 1. Взятый мной белок содержит домен ME53, содержащий цинк-связывающий участок. В последовательности белка домен занимает участок с 110 по 439 остатки.
Таблица 1. Итерации при работе с Psi-Blast
Номер итерации |
Число находок выше порога (0,005) |
Идентификатор худшей находки выше порога |
E-value этой находки |
Идентификатор лучшей находки ниже порога |
E-value этой находки |
| 1 | 42 | NP_258295.1 | 6e-06 | YP_001257085.1 | 0,008 |
| 2 | 51 | NP_872573.1 | 7e-18 | WP_024160893.1 | 0,007 |
| 3 | 57 | NP_068219.1 | 2e-46 | WP_009169989.1 | 0,073 |
1 итерация: я добавил 2 находки, также содержащие ME53 домен. 2 итерация: Сверх добавленного программой (7 находок) я ничего не добавил. 3 итерация: Программа добавила 6 находок. 4 итерация: Никаких изменений в списке "хороших" находок, конец итераций. Его можно скачать в формате fasta или как проект jalview.
В множественном выравнивании лучше всего выравнены участки, соответствующие домену ME53, присутствующему во всех взятых белках. Домен располагается с 135 по 578 остатки в выравнивании. Абсолютно консервативных позиций 14 (2,295%), причем 7 из них занимает цистеин; по-видимому, в пространственной организации этих белков важную роль могут играть дисульфидные мостики. Функционально консервативных позиций 39 (6,393%).