Поиск компонентов АТФ-синтазы
Мне необходимо было найти все компоненты АТФ-синтазы в протеоме бактерии Clostridium botulinum A2 str.Kyoto одним запросом. В таблице 1 представлена история запросов.
Таблица 1. История поиска компонентов АТФ-синтазы
Геном или таксон |
Строка запроса |
Число записей |
Коментарии |
| Геном Clostridium botulinum | organism:"Clostridium botulinum [1491]" AND gene:atp* | 9 | Не то, показаны только белки организмов, у которых не указан штамм. |
| Штамм Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2) | gene:atp* AND organism:"Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2)" | 14 | Присутствуют белки-субъединицы V-type синтазы |
| Штамм Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2) | gene:atp* AND organism:"Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2)" NOT name:V-type | 9 | То, что надо |
На рис.1 показана выдача правильного запроса. Файл с последовательностями этих белков в формате fasta можно скачать.
Рисунок 1. Выдача правильного запроса для поиска компонентов АТФ-синтазы Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2).
Найдено 9 компонентов АТФ-синтазы, из них 5 проверены экспертом (вошли в раздел SwissProt). Все белки, кроме одного, относятся к коду "Protein evidence: Inferred from homology", то есть их существование было выведено на основе данных по гомологии с другими белками. Один белок относится к коду "Predicted" — "предсказан", скорее всего, на основании доказанного существования остальных белков оперона. Все 9 белков лежат последовательно, соответственно, являются ко-локализованными.
Далее я нашел компоненты АТФ-синтазы для другого штамма — Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3). Я использовал запрос gene:atp* AND organism:"Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3)" NOT name:V-type. Было найдено 9 компонентов, 7 белков входят в базу Swissprot, что значит, что данный штамм лучше изучен. Также существование всех, кроме одного, выведено из гомологии (а одного — предсказано). Гены идут последовательно и являются ко-локализованными. Скриншот правильной выдачи представлен на рис.2. Последовательности в формате fasta можно скачать.
Рисунок 2. Выдача правильного запроса для поиска компонентов АТФ-синтазы Clostridium botulinum (strain Loch Maree / Type A3)
Поиск гомологов субъединицы atpA
С помощью запроса gene:atpA NOT gene:atpB AND organism:"Clostridium botulinum" NOT name:V-type я нашел 24 гомолога α-субъединицы АТФ-синтазы моей бактерии (25 с ней). Из 25 9 входят в раздел SwissProt. Существование всех белков выведено из гомологии. Я выбрал 10 белков, отдавая предпочтения входящим в SwissProt (структуры PDB не указано ни для одного белка). Последовательности в формате fasta можно скачать. Скриншот начала списка выдачи с отмеченными белками представлен на рис.3.
Рисунок 3. Начало выдачи правильного запроса для поиска гомологов α-субъединицы АТФ-синтазы Clostridium botulinum (strain Kyoto / Type A2).