Получение данных


Файл структурных факторов, которые использовались при определении структуры белка, — промежуточная стадия между экспериментом и воссозданной функцией электронной плотности. Файл можно скачать с сайта RCSB PDB. Для структуры 2XMD бутирилхолинэстеразы человека был получен файл mmCIF, который был проанализирован, и информация из него сведена в таблицу.

Файл содержит данные о 34 590 измеренных структурных факторах, среди которых для оптимизации модели использовались 33 500 (для этих факторов в колонке refln.status указан флаг "o"). 29 353 структурных фактора имеют силу сигнала 3 и выше (сила сигнала указана в таблице в поле signal_strength и значит отношение среднего значения сигнала к среднеквадратичному отклонению нескольких его измерений). В отношении ко всем структурным факторам "хорошие" составляют 84.86%.

Назовем пропущенной тройкой такие h, k, l, для которых нет измерений структурных факторов, но при этом имеются такие тройки h', k', l', где h' ≥ h, k' ≥ k, l' ≥ l, что для них измерение структурного фактора существует. В качестве примера можно назвать тройки (6, 2, i), где i ≥ 0 — нечетное, и тройки (6, 3, j), где j ≥ 0 — четное.

В файле со структурными факторами также присутствуют записи, отвечающие факторам, которые были рассчитаны из модели: h, k, l = (0, 0, 6); (0, 0, 8); (0, 0, 10).