Гидрофобные кластеры

1. Поиск гидрофобных кластеров

Опишите соответствие кластеров доменам и субдоменам белка, определяемым визуально или как-либо иначе

Для первого задания мой основной белок бутирилхолинэстераза не подходит, т. к. не имеет различных доменов. Поэтому я взял белок 3V2A — васкулярный рецептор эндотелиального фактора роста 2 в комплексе с самим фактором роста (VEGFR-2/VEGF-A). Для нахождения гидрофобных кластеров использовался сервер CluD. Производились запуски с различным порогом для достижения наилучшего результата — повторения доменной структуры гидрофобными кластерами. Из-за отсутствия Rasmol и проблем с веб-апплетом J(S)Mol, использовался PyMol: для него генерировались .pse-сессии по текстовой выдаче CluD с помощью написанного скрипта.

Рис.1
Гидрофобные кластеры
VEGFR-2/VEGF-A, threshold 5.4A

Показаны кластеры более 10 атомов. Порог в CluD взят исходный, 5.4 ангстрем. Видно, что при таком пороге программа выделяет два больших кластера (показаны белым и серым), причем серый кластер захватывает как рецептор, так и фактор роста.

Рис.2
Гидрофобные кластеры
VEGFR-2/VEGF-A, threshold 4.3A

Показаны кластеры более 10 атомов, найденные CluD с порогом 4.3 ангстрем. Один кластер целиком лежит в факторе роста, в то время как на структуру рецептора приходится большее количество кластеров. Видно, что белый и розовый кластеры попадают внутрь бета-бочонков, тем самым отражая эту особенность доменной структуры, в то время как светло-серый и красный кластеры расположены снаружи бочонков. Серый кластер обозначает элементы бета-листов на участке, связывающем баррели.

2. Нахождение гидрофобных кластеров на интерфейсах цепочек

Найдите гидрофобные кластеры на интерфейсе двух цепочек в структуре какого-либо белка

Для этого задания я взял DCC-взаимодействующий белок 13-альфа, структура 5C5B. Этот белок выступает адаптером в различных сигнальных каскадах, в частности задействован в регуляции инсулинового сигнального пути.

Рис.3
Гидрофобные кластеры на контакте цепочек 5C5B, порог 5.4А

Цепи показаны цветом: А — синим, B — белым, C — красным, D — белым. При пороге 5.4 ангстрем CluD выделяет по одному большому кластеру между каждыми двумя цепочками.

Рис.4
Гидрофобные кластеры на контакте цепочек 5C5B, порог 4.7

Цепи показаны цветом: C — красным, D — белым. При пороге 4.7 ангстрем CluD определяет менее крупные кластеры, один из которых хорошо ложится на интерфейс взаимодействия цепей. Этот кластер показан оранжевым.