PAL2NAL output

              M   G   T   T   K   H   S   K   L   L   I   L   G   S   G   P   A   G   Y   T
TRXB_ECOLI    atg ggc acg acc aaa cac agt aaa ctg ctt atc ctg ggt tca ggc ccg gcg gga tac acc
              M   S   N   V   K   H   S   K   L   L   I   L   G   S   G   P   A   G   Y   T
TRXB_VIBCH    atg agt aac gtg aaa cac agc aaa ctt ctt atc ctt ggc tcc ggc cct gcg ggt tac aca

              A   A   V   Y   A   A   R   A   N   L   Q   P   V   L   I   T   G   M   E   K
TRXB_ECOLI    gct gct gtc tac gcg gcg cgc gcc aac ctg caa cct gtg ctg att acc ggc atg gaa aaa
              A   A   V   Y   A   A   R   A   N   L   K   P   V   L   V   T   G   M   Q   Q
TRXB_VIBCH    gcc gcg gtt tac gct gcg cgc gcc aac cta aaa ccc gtg ctg gtc act ggt atg cag caa

              G   G   Q   L   T   T   T   T   E   V   E   N   W   P   G   D   P   N   D   L
TRXB_ECOLI    ggc ggc caa ctg acc acc acc acg gaa gtg gaa aac tgg cct ggc gat cca aac gat ctg
              G   G   Q   L   T   T   T   T   E   V   E   N   W   P   G   D   A   E   G   L
TRXB_VIBCH    ggt ggt cag ctc acc acg acg aca gaa gtc gag aac tgg cca ggc gat gcc gaa ggc tta

              T   G   P   L   L   M   E   R   M   H   E   H   A   T   K   F   E   T   E   I
TRXB_ECOLI    acc ggt ccg tta tta atg gag cgc atg cac gaa cat gcc acc aag ttt gaa act gag atc
              T   G   P   A   L   M   E   R   M   K   E   H   A   E   R   F   D   T   E   I
TRXB_VIBCH    act ggc cca gca ctg atg gag cgc atg aaa gag cac gct gag cgt ttc gat act gaa att

              I   F   D   H   I   N   K   V   D   L   Q   N   R   P   F   R   L   N   G   D
TRXB_ECOLI    att ttt gat cat atc aac aag gtg gat ctg caa aac cgt ccg ttc cgt ctg aat ggc gat
              V   F   D   H   I   N   S   V   D   L   S   S   R   P   F   R   L   T   G   D
TRXB_VIBCH    gtt ttt gat cac att aac tca gtt gat ctc tct tct cgc cca ttt cgt ttg aca ggc gac

              N   G   E   Y   T   C   D   A   L   I   I   A   T   G   A   S   A   R   Y   L
TRXB_ECOLI    aac ggc gaa tac act tgc gac gcg ctg att att gcc acc gga gct tct gca cgc tat ctc
              S   Q   E   Y   T   C   D   A   L   I   I   S   T   G   A   S   A   K   Y   L
TRXB_VIBCH    agc caa gag tac acc tgt gat gcc ctc atc atc tct act ggt gcc tct gct aaa tac ctc

              G   L   P   S   E   E   A   F   K   G   R   G   V   S   A   C   A   T   C   D
TRXB_ECOLI    ggc ctg ccc tct gaa gaa gcc ttt aaa ggc cgt ggg gtt tct gct tgt gca acc tgc gac
              G   L   E   S   E   E   A   F   K   G   R   G   V   S   A   C   A   T   C   D
TRXB_VIBCH    ggt tta gaa tca gaa gaa gcg ttc aaa ggt cgc ggt gta tcc gct tgt gcg acc tgt gat

              G   F   F   Y   R   N   Q   K   V   A   V   I   G   G   G   N   T   A   V   E
TRXB_ECOLI    ggt ttc ttc tat cgc aac cag aaa gtt gcg gtc atc ggc ggc ggc aat acc gcg gtt gaa
              G   F   F   Y   R   N   Q   K   V   A   V   V   G   G   G   N   T   A   V   E
TRXB_VIBCH    ggt ttc ttc tat cgc aac cag aaa gtg gca gta gtc ggt ggt ggt aat act gcg gtt gaa

              E   A   L   Y   L   S   N   I   A   S   E   V   H   L   I   H   R   R   D   G
TRXB_ECOLI    gag gcg ttg tat ctg tct aac atc gct tcg gaa gtg cat ctg att cac cgc cgt gac ggt
              E   A   L   Y   L   S   N   I   A   S   E   V   H   L   V   H   R   R   D   S
TRXB_VIBCH    gag gct ctt tac cta tcg aat atc gcc tca gaa gtg cat ctg gtc cac cgc cgt gac agc

              F   R   A   E   K   I   L   I   K   R   L   M   D   K   V   E   N   G   N   I
TRXB_ECOLI    ttc cgc gcg gaa aaa atc ctc att aag cgc ctg atg gat aaa gtg gag aac ggc aac atc
              F   R   S   E   K   I   L   I   D   R   L   M   D   K   V   A   N   G   N   I
TRXB_VIBCH    ttc cgc agt gaa aaa att ctg atc gat cgt ctg atg gat aaa gtg gcg aat ggc aat atc

              I   L   H   T   N   R   T   L   E   E   V   T   G   D   Q   M   G   V   T   G
TRXB_ECOLI    att ctg cac acc aac cgt acg ctg gaa gaa gtg acc ggc gat caa atg ggt gtc act ggc
              V   L   H   T   H   R   T   L   D   E   V   L   G   D   E   M   G   V   T   G
TRXB_VIBCH    gtt ctg cac acg cac cgc act ttg gat gaa gta ctg ggc gat gag atg ggc gtg aca ggc

              V   R   L   R   D   T   Q   N   S   D   N   I   E   S   L   D   V   A   G   L
TRXB_ECOLI    gtt cgt ctg cgc gat acg caa aac agc gat aac atc gag tca ctc gac gtt gcc ggt ctg
              V   R   L   K   D   T   Q   -   S   D   M   T   E   N   L   D   V   M   G   V
TRXB_VIBCH    gtg cgt ttg aaa gat acc cag --- tca gat atg acg gaa aac ttg gat gtg atg ggg gta

              F   V   A   I   G   H   S   P   N   T   A   I   F   E   G   Q   L   E   L   E
TRXB_ECOLI    ttt gtt gct atc ggt cac agc ccg aat act gcg att ttc gaa ggg cag ctg gaa ctg gaa
              F   I   A   I   G   H   Q   P   N   S   Q   I   F   E   G   Q   L   E   M   K
TRXB_VIBCH    ttc att gcc att ggt cat cag cca aac tcg caa att ttc gaa ggt cag ctt gaa atg aaa

              N   G   Y   I   K   V   Q   S   G   I   H   G   N   A   T   Q   T   S   I   P
TRXB_ECOLI    aac ggc tac atc aaa gta cag tcg ggt att cat ggt aat gcc acc cag acc agc att cct
              N   G   Y   I   V   V   K   S   G   L   E   G   N   A   T   Q   T   S   I   E
TRXB_VIBCH    aac ggc tac ata gtc gtc aaa tct ggc ctt gaa ggt aat gca acc cag acc agc att gag

              G   V   F   A   A   G   D   V   M   D   H   I   Y   R   Q   A   I   T   S   A
TRXB_ECOLI    ggc gtc ttt gcc gca ggc gac gtg atg gat cac att tat cgc cag gcc att act tcg gcc
              G   V   F   A   A   G   D   V   M   D   H   N   Y   R   Q   A   I   T   S   A
TRXB_VIBCH    ggt gtg ttt gcc gcg ggt gat gtg atg gat cat aac tac cgt caa gcg att acc tct gcc

              G   T   G   C   M   A   A   L   D   A   E   R   Y   L   D   G   L   A   D   A
TRXB_ECOLI    ggt aca ggc tgc atg gca gca ctt gat gcg gaa cgc tac ctc gat ggt tta gct gac gca
              G   T   G   C   M   A   A   L   D   A   E   R   Y   L   D   S   Q   G   K   -
TRXB_VIBCH    gga acc ggg tgt atg gca gca ctc gat gct gaa cgt tac cta gat agc cag ggt aaa ---

              K
TRXB_ECOLI    aaa
              -
TRXB_VIBCH    ---