Факультет Биоинженерии и биоинформатики

BLASTP - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии

 

Часть №1:

Поиск АТФ-связывающего белка, участвующего в транспорте витамина Б12 по фрагменту его аминокислотной последовательности. Поиск проводился в банке данных SwissProt. Были взятыя куски исходного белка длиной 30 и 10 нуклеотидов.
  1. MAKNLILWLVIAVVLMSVFQSFGPSESNGR;
  2. MAKQLILWLVIAGVLMSVFQIFGPSESNGR - здесь сделаны 3 замены;
  3. WLVIAVVLMS
Первая последовательность целиком взята из последовательности моего белка. Вторая - из моего белка, но в ней были заменены 3 остатка. Третья взята также из моего белка целиком и без изменений.
По результатам поиска составлена таблица:

Причины отличия E-value кроются в том, что чем больше этот оказатель тем больше вероятность того, что такая последовантельость могла сама собой возникнуть. Т.е. чем меньше E-value, тем больше вероятность что мы нашли по участку последовательности, именно наш белок. Поэтому не удивительно, что в первом случае получено наименьшее значение. Последовательность длиной в 10 может с большей вероятностью соответствовать множеству белков, а длиной 30 возникает с еньшей вероятностью, поэтому она характерна для моего белка с большей вероятностью. Вес выравнивания так же целиком зависит от того, какие последовательности выравнивались и чем больше вес тем больше веротность того, что найденный белок соответствует нашему куску последовательности.

 

Часть №2:

Является ли BlastP инструментом для поиска ортологов?
В целом бласт не является инструментом для поиска гомологов. Это можно увидеть на примере поиска для репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtili. Было принято допущение, что гомологами мы считаем те последовательности в названии которых стоит слово RbsR. Результаты были таковыми: что между рибозными опероными, если рассматривать по порядку следовали и дркгие белки. На рисунке оротлоги выделены зеленым цветом. Как видно кроме ортологов в выборке и другие белки имеют довольно большой вес и E-value.

 

Главная страница             

Второй семестр             


© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова