 |
Факультет Биоинженерии и биоинформатики |
Поиск мотивов в последовательности BTUC при помощи средств PROSITE.
В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттерна - для сайтов - или профиля PSSM.
С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 4 известных мотива в последовательности АТФ-связывающего белка, участвующего в транспорте витамина Б12.
* - отметьте часто встречающиеся в белках мотивы.
Правила записи паттерна:
X-обозначает, что на данном месте может находиться любой аминокислотный остаток.
X(n)- любые аминокислотные остатки, число которых в точности равно n.
{ }- любой остаток, кроме заключенного в скобки.
[ ]- любой из перечисленных в скобках остаток.
X-обозначает, что на данном месте может находиться любой аминокислотный остаток.
X(n)- любые аминокислотные остатки, число которых в точности равно n.
{ }- любой остаток, кроме заключенного в скобки.
[ ]- любой из перечисленных в скобках остаток.
Пример записи паттерна:L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-L. Последовательность удовлетворяющая этому паттерну:LQSGGASLKTVAIQLWIHVAAL.
© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова