 |
Факультет Биоинженерии и биоинформатики |
Создание выборки белков с одинаковыми функциями
Задача – создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и пермиазный белок систамы транспорта витамина B12.
Часть №1:
Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot.
Часть №2:
Поиск производился с помощью системы SRS (Sequence Retrieval System). Для проведения поиска был выбран банк данных UniProt.
Поиск проводился по белкам имеющим ту же функцию, что и пермиазный белок систамы транспорта витамина B12.
Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot.
Часть №2:
Поиск производился с помощью системы SRS (Sequence Retrieval System). Для проведения поиска был выбран банк данных UniProt.
Критерии поиска:
- в поле description указано содержимое поля DE из первой таблицы;
- в поле species - Escherichia coli | Yersinia pestis | Salmonella typhi
- в поле taxonomy - группы рассматриваемых организмов: грамм-положительные бактерии; все бактерии, кроме грамм-положительных и гамма-протео-бактерий; археи; эукариоты
Поиск проводился либо по первому и второму пунктам, либо по первому и третьему.
Поиск проводился по белкам имеющим ту же функцию, что и пермиазный белок систамы транспорта витамина B12.
Часть №3:
Описание выборки:
Критерии включаемости последовательности в выборку:
© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова
- Cовпадают ли функции данного белка и искомого;
- Eсть ли белок с данной функцией у данного вида.
- Из грам-положительных бактерий (Firmicutes) - не найдено
- Из Архей (Archaea) - не найдено
- Из Эукариот (Eucaryota) - не найдено
- Из других бактерий (не из Firmicutes и не из гамма-протеобактерий) - не найдено
© 2004. ФББ МГУ им. М.В.Ломоносова