Нуклеотидные банки данных

Задание 1

Репутация рукокрылых сильно пострадала за последние годы. Однако эти существа являются важными участниками природных сообществ и очень интересными объектами для изучения. Поэтому было бы интересно узнать, есть ли на сайте NCBI сборки геномов представителей этого таксона.

Для этого был сделан поисковой запрос "Chiroptera (bats)" и с помощью фильтра оставлены только результаты с уровнем сборки "Chromosome". Данный уровень сборки означает, что есть последовательность дял одной или нескольких хромосом, но это могут быть как целые хромосомы без гэпов, так и наборы скэффолдов и контигов, составляющих хромосому. По данному запросу нашлось 5 сборок. В итоге была выбрана сборка генома бледной копьеносой летучей мыши (Phyllostomus discolor) (Рис.1). Эта сборка является референсной, то есть считающаяся специалистами как имеющая самое высокое качество.
Рис. 1 Бледная копьеносая летучая мышь (Phyllostomus discolor) [1]

Бледная копьеносая летучая мышь (pale spear-nosed bat) обитает в Центральной и Южной Америке. Данный вид живёт небольшими колониями, предпочитает питаться нектаром и пыльцой, тем самым способствую опылению огромного числа растений. Также в рацион входят насекомые. Этот вид имеет 16 пар хромосом [2].

Задание 2

Изучим некоторые характеристики сборки. Параметры N50 и L50 описывают мелкость сборки: N50 — это длина контига или скэффолда, для которого половина всех нуклеотидов сборки содержится в элментах такой же или большей длины; L50 указывает на число контигов или скэффолдов, в которых содержится 50% всех нуклеотидов сборки.

Идентификатор GenBank GCA_004126475.3
Идентификатор RefSeq GCF_004126475.2
Общий размер генома 2.1 млрд п.н.
Скэффолд N50 171.7 млн п.н.
Скэффолд L50 6
Контиг N50 6.9 млн п.н.
Контиг L50 94

Задание 3

С сайта NCBI были скачены три файла: нуклеотидные последовательности генома и последовательности белков в формате FASTA, а также последовательность генома с аннотацией в формате GBFF.

Источники

[1] Photo by Santiago Erazo
[2] Gary G. Kwiecinski, Phyllostomus discolor, Mammalian Species, Issue 801, 4 December 2006, Pages 1–11