Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Из предложенного списка выберем 8 бактерий, для который построим филогенетическое дерево.

Табл. 1 Мнемоники, соответствующие названиям выбранных актинобактерий (Actinomycetota)

Название Мнемоника Таксономия
Acidothermus cellulolyticus ACIC1 Actinomycetes; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Corynebacterium diphtheriae CORDI Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Corynebacterium efficiens COREF Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Leifsonia xyli LEIXX Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia
Rhodococcus jostii RHOJR Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus
Rubrobacter xylanophilus RUBXD Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
Streptomyces avermitilis STRAW Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces
Thermobifida fusca THEFY Actinomycetes; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida

Скобочная формула

Одним из способов представления филогенетических деревьев является скобочная формула. Для отобранных бактерий она имеет вид:

(((((STRAW, THEFY), ACIC1), LEIXX), (RHOJR, (COREF, CORDI))), RUBXD);

Изображение дерева

С помощью сервиса iTOL получим изображение нашего дерева (Рис.1).

Рис. 1 Филогенетическое дерево

Ветви дерева

В филогенетическом дереве можно выделить тривиальные ветви, отделяющие один лист от всех остальных, и нетривиальные — разбивающие множество листьев на подмножества, в которых количество элементов не менее 2. Выделим нетривиальные ветви в нашем дереве:

1) (STRAW, THEFY) vs (ACIC1, LEIXX, RHOJR, COREF, CORDI, RUBXD)
2) (STRAW, THEFY, ACIC1) vs (LEIXX, RHOJR, COREF, CORDI, RUBXD)
3) (STRAW, THEFY, ACIC1, LEIXX) vs (RHOJR, COREF, CORDI, RUBXD)
4) (COREF, CORDI) vs (STRAW, THEFY, ACIC1, LEIXX, RHOJR, RUBXD) — выделяет семейство Corynebacteriaceae
5) (RHOJR, COREF, CORDI) vs (STRAW, THEFY, ACIC1, LEIXX, RUBXD) — отделяет Mycobacteriales от других порядков