Описание Галогеналкан-дегалогеназы из генома бактерии Sphingobium japonicum UT26S.
Цель практикума №6 - предоставить информацию о белке из практикуму №5 на сайте
Изучение белка
Проанализировав белок я получила данные, которые приведены в таблице 1.
Идентификатор белка | BAI96793.1 |
---|---|
Идентификатор генома | AP010803.1 |
Название белка | Haloalkane dehalogenase |
Координаты гена в геноме | 1966541..1967431 |
Длина гена (п.н.) | 891 |
Цепь | прямая |
Длина белка (а.о.) | 296 |
В базе данных NCBI protein по индентефикатору белка можно найти ссылку на квалификатор DBSOURCE, затем, используя окошко Customize view скачать файл с подробной информацией о белке. Из него я взяла аминокислотную последовательность, которую мы можете посмотреть в формате FASTA по следующей ссылке 1_pr5.fasta
Информация с ресурсов NCBI и Uniport вполне полна, особенно если порыться в окошке customize view, однако в первый раз доставать от туда информацию не очень просто, приходится по долгу искать множество различных кнопок и т.д. Впоследствии привыкаешь и становится довольно просто.
Геномное окружение белка
Используя полученные в практикуме #5 координаты и ресурс NCBI я нашла область белка в геноме. Посмотрев на геномное окружение можно узнать много полезной информации.
![gene](https://kodomo.fbb.msu.ru/~alexgorbonos/term1/pr_5.png)
Как мне кажется, главной задачей этого практикума было научить нас искать информацию, в основном с NCBI, но не только, а так же оформлять ее на сайте