Описание Галогеналкан-дегалогеназы из генома бактерии Sphingobium japonicum UT26S.

Цель практикума №6 - предоставить информацию о белке из практикуму №5 на сайте

Изучение белка

Проанализировав белок я получила данные, которые приведены в таблице 1.

Таблица 1. Описание Галогеналкан-дегалогеназы из генома бактерии Sphingobium japonicum UT26S.
Идентификатор белка BAI96793.1
Идентификатор генома AP010803.1
Название белка Haloalkane dehalogenase
Координаты гена в геноме 1966541..1967431
Длина гена (п.н.) 891
Цепь прямая
Длина белка (а.о.) 296

В базе данных NCBI protein по индентефикатору белка можно найти ссылку на квалификатор DBSOURCE, затем, используя окошко Customize view скачать файл с подробной информацией о белке. Из него я взяла аминокислотную последовательность, которую мы можете посмотреть в формате FASTA по следующей ссылке 1_pr5.fasta

Информация с ресурсов NCBI и Uniport вполне полна, особенно если порыться в окошке customize view, однако в первый раз доставать от туда информацию не очень просто, приходится по долгу искать множество различных кнопок и т.д. Впоследствии привыкаешь и становится довольно просто.

Геномное окружение белка

Используя полученные в практикуме #5 координаты и ресурс NCBI я нашла область белка в геноме. Посмотрев на геномное окружение можно узнать много полезной информации.

gene
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка Галогеналкан-дегалогеназы (идентификатор белка BAI96793.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.

Как мне кажется, главной задачей этого практикума было научить нас искать информацию, в основном с NCBI, но не только, а так же оформлять ее на сайте