Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
# | Имена Атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
Альфа-спирали | |||
1 | [ASP]325:A.N - [LYS]321:A.O | 2.93 | 160.20 |
2 | [LEU]318:A.O - [ALA]322:A.N | 2.89 | 161.2 |
3 | [GLY]83:A.N - [GLN]79:A.O | 2.91 | 138.78 |
Бета-тяжи | |||
1 | [MSE]237:A.N - [GLY]145:A.O | 2.88 | 169.34 |
2 | [ARG]170:A.O - [ASP]209:A.N | 2.90 | 131.79 |
3 | [VAL]142:A.N - [GLY]239:A.O | 2.93 (Å) | 159.67 |
В таблице представлены данные о водородных связях, полученные при помощи Jmol — программы для просмотра структуры молекул в трёх измерениях. Получены значения для белка 4PBH. Измерения показывают, что расстояние между водородными связями принимают значения от 2.8 (Å) до 3.2 (Å), угол лежит в диапазоне 130° - 170°. Максимальное значение длины водородных связей в белках — 3,5 ангстрем, что вполне сходится с полученными данными. Водородная связь достигает максимальной силы при угле N—Н—O 180°, но из-за влияния боковых цепей аминокислот средний угол составляет около 155°. Вывод: значения сходится с теоретическими данными.
Литература:
1) Основы биохимии Ленинджера: в 3т. Т.1: Строение и катализ / Д. Нельсон, М. Кокс
2) https://www.britannica.com/science/hydrogen-bonding
3) https://www.rcsb.org/structure/4PBH