Поиск гомологов моего белка из Практикума 7 не дало результатов. Было решено заменить его на ДНК-связывающий белок HBbu.

В процессе поиска гомолога к новому белку были использованы следующие параметры поиска:

1. Поисковой запрос: SP|Q45352
2. Database: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)
3. Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)
4. Max target sequences: 100
5. Expect threshold: 0.05
6. Word size: 5
7. Max matches in a query range: 0
8. Matrix: BLOSUM62
9. Gap Costs: Existence: 11 Extension: 1
10. Compositional adjustments: Conditional compositional score matrix adjustment

Была получена текстовая выдача BLAST.

Выполненное множественное выравнивание демонстрирует высокую гомологичность выбранных белков, так как последовательности обладают высокой индентичностью.

В качестве объекта исследования был выбран Gag-белок Т-лимфотропного вируса человека II-ого типа (GAG_HTLV2 из Human T-cell leukemia virus 2 (HTLV-2), P03346).

В качестве олигопротеина был выбран фрагмент Nucleocapsid protein p15-gag, расположенный на 351-433. Его последовательность

Текстовая выдача BLAST

По результату множественного выравнивания

, можно сказать, что выбранные белки гомологичны фрагменту полипротеина, так как последовательности демонстрируют высокую идентичность.

Подключение фильтра по таксонам размер выдачи не изменило (100 последовательностей).

E-value изменилось значительно. Так для NP_954568.1 E-value уменьшилось в 12.5 раз, из чего мы можем сделать вывод, что процент вирусных последовательностей в выборке около 7.59%.

Вторая текстовая выдача BLAST