Практикум 11
Для работы было выбрано семейство response regulator aspartate phosphatase H, N terminal.
Табл. 1. Краткое описание семейства
| Таблица | Информация | комментарии (if any) |
| AC pfam | PF18801 | |
| ID pfam | RapH_N | |
| #SEED | 44 | 47, согласно данным на 2023 год |
| #All | 3k | |
| #SW | 13 | |
| #architectures | 36 | |
| #3D | 8 | |
| Taxonomy | ||
| #eukaryota | ||
| #archaea | ||
| #bacteria | 3009 | |
| #viruses | 19 |
Домен представляет из себя 3-х спиральную структуру на N конце регулятора ответа аспартат фосфатазы. Домен распространен у бактерий, а также встречается у некоторых вирусов.
Максимально достоверные блоки, включающие все последоваельности, отсутствуют. Максимально достоверный блок, влючающий не все последовательсти: 49-52. Также достоверна аминокислота в позиции 14. Нет никаких достоверных подблоков на следующих участках: 19-22; 34-36.
Табл 1. Кратко о различиях архитектур.
| Таблица 11-5 | Информация | комментарии (if any) |
| доменная архитектура 1 | Q45506 | |
| Белок с архитектурой 1 | A0A061NPN9_9BACL | |
| доменная архитектура 2 | P42828 | |
| Белок с архитектурой 2 | A0A1Y5ZH83_9BACI |
Рисунок 1. Карта локального сходства.
Исходя из получившейся карты, мы можем прийти к выводу, что белки очень схожи, что говорит о близкородственности организмов, из которых они получены.