Табл. 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Sulfur carrier protein ThiS	THIS_BASCU	THIS_ECOLI	42	20.9%	44.8%	3%	2
Proline--tRNA ligase	SYP_BASCU	SYP_ECOLI	1423	49.5%	66.9%	2.1%	6
Quinolinate synthase	NADA_BASCU	NADA_ECOLI	319	23.5%	42.1%	26.9%	16

Табл. 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Sulfur carrier protein ThiS	THIS_BASCU	THIS_ECOLI	45	22%	48%	0%	0	75.7%	75.7%
Proline--tRNA ligase	SYP_BASCU	SYP_ECOLI	1423	49.5%	66.9%	2.1%	5	100%	99.5%
Quinolinate synthase	NADA_BASCU	NADA_ECOLI	319	23.5%	42.1%	26.9%	13	94.6%	89.6%

Табл. 3. Характеристики глобального парного выравнивания пары неродственных белков

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Cell cycle regulator CcrZ	Aspartate aminotransferase	CCRZ_BACSU	AAT_ECOLI	21.5	6.9%	12.9%	75.1%	11

Табл. 4. Характеристики локального парного выравнивания пары неродственных белков

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Cell cycle regulator CcrZ	Aspartate aminotransferase	CCRZ_BACSU	AAT_ECOLI	37	27.9%	51.2%	20.9%	3	14.5%	9.6%

Низкая идентичность белков, низкий вес выравнивания, а также большое число гэпов подтвержают негомологичность белков с разными мнемониками функций.

По мнимонике NADA_ (рекомендованное для ECOLI имя - Quinolinate synthase) в UniProtKB было найдено 247 белков. Из них были отобраны белки Pyrococcus horikoshii, Pectobacterium atrosepticum, Thermotoga maritima, Arabidopsis thaliana и Thermococcus kodakarensis.

Для неустаревших последовательностей было выполнено выровнивание программой "Muscle with Defaults".

Файл JalView.

Получилось хорошее выравнивание. Четко выражен консервативный центр (266-704), в котором находятся несколько, видимо, функционально важных доменов, разделенных неконсервативными участками. Так же до 266 а.о.к. находится неконсервативная область, обусловленная длинной последовательности Arabidopsis (эукариот, растение, значительно далекая группа). Так же может показаться, что с 31 по 55 а.о.к. находится некоторый домен у Pectobacterium atrosepticum, Escherichia coli и Bacillus subtilis. Возможно это специфический функциональный домен.