Практикум 7
В прошлом семестре мной был сделан обзор на бактерию Borrelia parkeri - возбудителя возвратного тифа. По запросу (taxonomy_name:"Borrelia parkeri") в базе данных UniProtKB было обнаружено 1105 записей.
Среди этих записей мной был проведен поиск мембранного липопротеина BpcA, так как по некоторым сведениям [1] BpcA играет роль в формировании резистентност B.parkeri к системе комплимента человека. Я сделал это с помощью запроса (taxonomy_name:"Borrelia parkeri") AND (gene:bpcA). Была обнаружен одна находка с Annotation score = 1, что не помешает мне выполнить задание полностью.
ID UniProt: D5GU46На данный момент о BpcA известно не много. UniProtKB предлагает единственный источник, описывающий BpcA.
По мнению авторов, BpcA - липопротеин, способствующий выживанию B.parkeri в крови человека, по средствам связывания с регуляторами комплемента CFH/CFHR-1 и, кроме того, с PLG/плазмином.[1]
Судя по малым размерам кластеров, BpcA - белок, в некоторой степени, уникальный, схожий только с подобными по функции белками. Это, вероятно, может говорить о сложности выполняемой функции или о специфичности условий, в которых проходил отбор этого белка.
Было бы интересно знать, распространена ли вообще защита от системы комплимента путем связывания H фактора. С этой целью я сформировал запрос (protein_name:"Factor H binding protein") AND ((keyword:KW-0843) OR (keyword:KW-0732)), где первое ключевое слово - Signal, второе - "Virulence."
Было получено 396 результатов, из которых хорошо аннотированых (>2 Annotation score) было 2. Оба результата (E6MV22 и Q9JXV4) представляют из себя два белка бактерии Neisseria meningitidis.
Сформировав запрос (protein_name:"Factor H binding protein") AND ((keyword:KW-0843) OR (keyword:KW-0732)) NOT (taxonomy_id:482), я выяснил, что белков не принадлежащих Neisseria sp. всего 147, что все больше наводит на мысль, что белки с подобным функционалом не распространены.
Структурировав запрос по таксономии я выяснил, что и в кладе Bacteria, подобным функционалом владеют только 3 из 36 дочерних групп: Pseudomonadota (368), Spirochaetota (25) и Terrabacteria (3). Т.е. функционал распространен не широко и слабо, что может говорить о сложности его реализации, специфичности и не высокой распространенности условий в которых проходил его отбор для всей клады Bacteria.
Задав запрос ((protein_name:"Factor H binding protein") AND ((keyword:KW-0843) OR (keyword:KW-0732 )))AND (reviewed:true) и получив все те же E6MV22 и Q9JXV4, я пришел к выводу, что знаний о связывающих H фактор не так уж и много. Учитывая практическое значение изучения групп Pseudomonadota и Spirochaetota, связанное с борьбой с патогенными представителями, дальнейшее изучение видется мне перспективной.