Практикум 8
Я выбрал наиболее близкий референсный протеом для Borellia parkeri - UP000019148, принадлежащий B.duttonii, единственный для всей группы Borellia.
В качестве протеома сравнения был выбран протеом UP000007254 свободной термофильной анаэробной хемоорганотрофической бактерии Spirochaeta thermophila. Это один из ближайших и интереснейших (с точки зрения отличных условий среды обитания) родственников Borrelia parkeri.
Таблица 1. Данные о протеомах
|
Организм |
ID |
Количество белков |
Swiss-prot |
CPD |
BUSCO |
|
Borrelia duttonii |
UP000019148 |
1995 |
0 |
Outlier (high value) |
C:78.3% (S:73.3% D:4.9%) F:13% M:8.7% |
|
Spirochaeta thermophila |
UP000007254 |
2 249 |
2 |
Standard |
C:98.6% (S:98.6% D:0%) F:0% M:1.4% |
У обоих протеомов крайне мало рецензируемых белков, что омрачает хорошие показания CPD и BUSCO хорошие. Тем не менее, большинство белков успешно аннотировано автоматически, так что малая изученность не помешает мне выполнить задание и сделать определенные выводы. Тем более найти протеом столь же интересной бактерии, как Spirochaeta thermophila, но с большим кличеством рецензируемых белков не получается.
Таблица 2. Данные о представленности разных групп белков
|
Группа белков |
Borrelia duttonii |
Spirochaeta thermophila |
|
Трансмембранные |
343 |
439 |
|
Ферменты |
380 |
473 |
|
Фосфофруктокиназа |
2 |
1 |
С помощью встроенного в базу данных UniProt метода - загрузки xlsx таблицы белков по заданым параметрам поиска и запросу вида (proteome:) AND (ec:*), и последующим подсчетом методом COUNTIF() программного пакета LibreOffice Calc, я подсчитал представленность разных групп белков
Отличительной особенностью Spirochaeta thermophila является то, что в процессе гликолиза фосфорилирование фруктозо-6-фосфата опосредует выработку пирофосфатзависимой (PPi-зависимой) фосфофруктокиназы вместо обычной АТФ-зависимой фосфофруктокиназы. С помощью команды zgrep 'DE' архив.swiss.gzs.gz | grep 'Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase' | wc -l мне удалось подсчитать количество этих белков.
Обнаружение киназы в референсном протеоме Borrelia duttonii демонстрирует некоторую репрезентативность для всех Borrelia этого протеома, т.к. данная киназа была обнаружена только у Spirochaeta thermophila, Borrelia burgdorferi, и Treponema pallidum. [Ronimus R. et al. Sequencing, high-level expression and phylogeny of the pyrophosphate-dependent phosphofructokinase from the thermophilic spirochete Spirochaeta thermophila //Archives of microbiology. – 2001. – Т. 175. – С. 308-312.]
Обнаружив фосфофруктокиназу в протеомк Borellia duttonii, я задался вопрос: на сколько я могу доверять этим протеомам, насколько нахождение, той же киназы, достоверно (так киназа предпологается исходя из гомологии).
Команда zgrep '^PE' архив.swiss.gz | grep 'степень достоверности' | wc -l| sort -u позволила мне подсчитать количество белков различных по качеству достоверности.
Получается, что у Spirochaeta достоверно находящихся белков больше, чем у Borrelia, что можно было бы ожидать от менее изученного протеома.
|
Уровень достоверности |
Spirochaeta thermophila |
Borrelia duttonii |
|
Evidence at protein level |
5 |
0 |
|
Evidence at transcript level |
3 |
2 |
|
Inferred from homology |
966 |
460 |
|
Predicted |
1275 |
1533 |