Результаты
Описание стандартных данных о геноме
Геном данной бактерии содержит 1 кольцевую хромосому и 1 кольцевую плазмиду pSLT [3]. В таблице 1 приведены длина хромосомы и плазмиды, а так же GC состав в них. Можно заметить, что GC состав достаточно высокий (>51%), это можно связать со свойством устойчивости этой бактерии к противомикробным препаратам.
| ДНК | Длина (п.н) | GC состав |
|---|---|---|
| Рибосомальные белки | 4857450 | 52 % |
| Плазмида pSLT | 93933 | 53 % |
Статистические данные о белках протенома
В данном разделе мы исследуем количество и процентное содержание разных групп белков, таких как: рибосомальные, гипотетические и транспортные. Рассмотрев внимательно таблицу Рибосомальных белков (файл 1), можно заметить уникальную рибосому bifunctional tRNA pseudouridine(32) synthase/ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluA ( на данный момент, к сожалению, не могу сказать, в чем он участвует, но я в процессе разбирательства) [2], а так же ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase, которая является ферментом, катализирующем химические реакции [3]
| Белки | Количество | Процент от всех белков |
|---|---|---|
| Рибосомальные белки | 71 | 1.56 % |
| Гипотетические белки | 606 | 13.33 % |
| Транспортные белки | 19 | 0.42 % |
В Google Sheets мы проводили некоторые исследования, в которых строили гистограмму 1 длин белков, а так же считали некоторые параметры, указанные в таблице 3 (все значения взяты из Google Sheets Статистика (файл 2) )
| Средняя длина | 314 |
| Стандартное отклонение | 223.62 |
| Медиана | 271 |
| Минимальное значение | 14 |
| Максимальное значение | 5559 |
На основе данных табдлицы CDS (файл 1), было установлено число генов белков, закодированных на прямой и комплементарной цепочк. Интересное наблюдение, что на хромосоме количество «+» цепи < количество «-» цепи, в то время, как на плазмиде все наоборот
| ДНК | «+» цепь | «-» цепь |
|---|---|---|
| Хромосома | 2129 | 2317 |
| Плазмида pSLT | 69 | 33 |
| Всего | 2198 | 2350 |
Статистические данные о генах РНК
Всего в геноме 118 РНК ( это составляет примерно 1.26% от всех генов), 85 тРНК и 22 рРНК (таблица 5). В своих расчетах rRNA я учитывал 5S, 16S, 23S рибосомальные РНК, а все тРНК я представила в Таблице tRNK (файл 1)
| РНК | Количество | Процент от всех РНК |
|---|---|---|
| тРНК | 85 | 72 % |
| рРНК | 22 | 18.6 % |